太常作为九卿之首，依然保留，负责建邦之天地、神祇、人鬼之礼，吉凶宾军嘉礼以及玉帛钟鼓等威文物的官员，同时负责宗教事务，不再兼管文化教育事务。
刑部由二千石曹改组而成，二千石曹原来掌管司法诉讼事务，改组后的刑部为主管全国刑罚政令及审核刑名的机构，与御史台管稽察、廷尉掌重大案件的最后审理和复核，共为“三法司制”。刑部的具体职掌有，审定各种法律，复核各地送部的刑名案件，会同三司审理“监候”的死刑、案件以及直接审理京畿地区的待罪以上案件。刑部是按州设司。
兵部是由中都官曹和太尉府改组而成，中都官曹掌管水、火、盗贼等治安工作，而太尉除了评定全国武官的功绩高下、以为升降的依据外。就是作为皇帝的最高军事顾问，改组后的兵部职掌内外武职官员的除授、封荫之典。乘载﹑邮传之制，甄核﹑简练之方，士籍﹑军实之数。兵部下设四司：武选司，考核武职官员的品级与选补、升调、承袭、封赠诸事；车驾司﹐掌全国马政及驿传等事；考功司，掌武职官员的叙功﹑核过﹑抚恤﹑军旅之简阅﹑考察﹑巡防等事；武库司，掌全国之兵籍﹑军器之事。
金良兼领兵部尚书，不过他这个兵部尚书并不是一帆风顺就得到手的。
自从金良倡导的全民皆兵制度开始实施以来，兵部开始兼管各地郡兵、县兵、乡兵。这些郡县兵虽然没有金良的中央军‘精’锐，战力跟其他诸侯的战兵却也不相上下，有许多世家人物为了壮大自家的势力，动用各种关系，想坐上兵部尚书的宝座。
当然那些世家人物知道金良是首倡全民皆兵，金良所掌握的中央军是各地郡县兵的教导军，金良做兵部尚书应该是当仁不让，他们就让家族在朝廷的官吏在其他内阁辅臣面前诋毁金良，说金良既掌中央军，又掌兵部。襄阳朝廷的兵权全归金良所有，金良势力大了，原没有野心也会变得有野心。没准就会成为董卓第二，一时之间，那股谗言使得“董卓第二”成了金良的代名词。
当时金良还身在河东，卢植等内阁辅臣被那些谗言所动，重新对金良产生了质疑，他们便乘着金良不在襄阳的机会，想委任尚书令黄琬的族弟黄祖为兵部尚书。
黄祖虽然在演义上出场不多，形象很猥琐，但他在这个历史上。因为是江夏安陆世家大族黄家的子弟，是一代名臣黄香之后。虽然他能力一般，但经过家族的刻意宣传。三十多岁的黄祖“深通武略”的虚名已经名扬荆州乃至冀州，黄祖从江夏投奔成为尚书令、内阁辅臣的族兄黄琬，黄琬顾及家族利益，便刻意扶持黄祖上位，却不管黄祖的实际能力跟金良比起来有天地差距。
内阁的任命书呈递给太后审阅盖上玺印的时候，太后何莲凤颜大怒，怒斥黄琬：“你身为尚书令，想委任你族弟黄祖为兵部尚书，难道内阁是你黄家所开？！你们江夏安陆黄家莫非想做皇家不成？”
何莲何太后这样怒斥，黄琬连忙趴伏在地，一个劲地叩头谢罪。
何太后之所以凤颜大怒，是因为金良只是提议改组尚书台，真正参与改组的正是尚书令黄琬，黄琬等人把尚书台改组成内阁，架空了皇室的部分决策权，何太后并不甘心失去手中的权力，便借机发飙。
太傅卢植也一直觉得黄祖是徒有虚名，将略寻常，无法执掌兵部，只是碍于老友面上，没有反驳，现在看何太后不同意，他便问道：“太后属意何人执掌兵部？”
何太后冷冷一笑道：“首倡全民皆兵的是金良，首倡改组内阁建立兵部的是金良，最有能力统帅天下兵马的是金良，本宫最信得过的武将是金良，他现在在河东郡与董卓麾下大将杨定、南匈奴于夫罗鏖战，为了朝廷安危抛头颅洒热血，你们却把他刻意忽略，你们扪心自问，是否有愧？！”
“金良已经执掌中央军，若是再通过执掌兵部进而执掌天下郡县兵，那朝廷的兵权可全归金良所有了，金良原本可能没有野心，可当他势力大了，有能力问鼎至尊宝座了，野心自然也会萌生出来，没准他就会成为第二个王莽，第二个董卓，请太后熟思之！”
何太后一拍凤椅：“杨彪，你们弘农杨家还有许多子弟身在弘农，为董贼卖命，你们杨家为了保证家族利益，首鼠两端，有何资格来说赤胆忠心的金良！若非金良，我与天子皆死于董卓之手，金良有再造社稷之功，你们对朝廷立下的功劳敢跟金良相提并论吗？！金良得到今时今‘日’的权力地位，全是他一刀一戟打出来的，而不是像你们这些多半靠着父辈荫蔽而来的！本宫把话说在这里。便是你们这些世家大臣们都背叛本宫，金良也不会背叛本宫！”
在宫中当值的王越、吴崇等人皆抽出兵器，对杨彪等人怒目相向。杨彪这才意识到，他们身在襄阳。在这里不论是皇宫还是襄阳外围，守备兵马全是金良的嫡系，他们若再强行把原本该属于金良的兵部尚书夺走，他们这些世家大臣怕是立刻会被忠于金良的将士袭杀。
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