明初，命武臣督海运，尝建漕运使，寻罢。成祖以后用御史，又用侍郎、都御史催督，郎中、员外分理，主事督兑，其制不一。景泰二年始设漕运总督于淮安，与总兵、参将同理漕事。漕司领十二总，十二万军，与京操十二营军相准。
初，宣宗令运粮总兵官、巡抚、侍郎岁八月赴京，会议明年漕运事宜，及设漕运总督，则并令总督赴京。至万历十八年后始免。凡岁正月，总漕巡扬州，经理瓜、淮过闸。总兵驻徐、邳，督过洪入闸，同理漕参政管押赴京。攒运则有御史、郎中，押运则有参政，监兑、理刑、管洪、管厂、管闸、管泉、监仓则有主事，清江、卫河有提举。兑毕过淮过洪，巡抚、漕司、河道各以职掌奏报。有司米不备，军卫船不备，过淮误期者，责在巡抚。米具船备，不即验放，非河梗而压帮停泊，过洪误期因而漂冻者，责在漕司。船粮依限，河渠淤浅，疏浚无法，闸坐启闭失时，不得过洪抵湾者，责在河道。
明初，於漕政每加优恤，仁、宣禁役漕舟，宥迟运者。英宗时始扣口粮均摊，而运军不守法度为民害。自后漕政日驰，军以耗米易私物，道售稽程。比至，反买仓米补纳，多不足数。而粮长率搀沙水於米中，河南、山东尤甚，往往蒸湿浥烂不可食。权要贷运军银以罔取利，至请拨关税给船料以取偿。漕运把总率由贿得。仓场额外科取，岁至十四万。世宗初政，诸弊多厘革，然漂流、违限二弊，日以滋甚。中叶以后，益不可究诘矣。
漕粮之外，苏、松、常、嘉、湖五府，输运内府白熟粳糯米十七万四十馀石，内折色八千馀石，各府部糙粳米四万四千馀石，内折色八千八百馀石，令民运。
谓之白粮船。自长运法行，粮皆军运，而白粮民运如故。穆宗时，陆树德言：“军运以充军储，民运以充官禄。人知军运之苦，不知民运尤苦也。船户之求索，运军之欺陵，洪闸之守候，入京入仓，厥弊百出。嘉靖初，民运尚有保全之家，十年后无不破矣。以白粮令军带运甚便。”疏入，下部议。不从。
凡诸仓应输者有定数，其或改拨他镇者，水次应兑漕粮，即令坐派镇军领兑者给价，州县官督车户运至远仓，或给军价就令关支者，通谓之挖运。九边之地，输粮大率以车，宣德时，饷开平亦然，而兰、甘、松潘，往往使民背负。
永乐中，又尝令广东海运二十万石给交址云。
明初，京卫有军储仓。洪武三年增置至二十所，且建临濠、临清二仓以供转运。各行省有仓，官吏俸取给焉。边境有仓，收屯田所入以给军。州县则设预备仓，东南西北四所，以振凶荒。自钞法行，颇有省革。二十四年储粮十六万石於临清，以给训练骑兵。二十八年置皇城四门仓，储粮给守御军。增京师诸卫仓凡四十一。又设北平、密云诸县仓，储粮以资北征。永乐中，置天津及通州左卫仓，且设北京三十七卫仓。益令天下府县多设仓储，预备仓之在四乡者移置城内。迨会通河成，始设仓於徐州、淮安、德州，而临清因洪武之旧，并天津仓凡五，谓之水次仓，以资转运。既，又移德州仓於临清之永清坝，设武清卫仓於河西务，设通州卫仓於张家湾。宣德中，增造临清仓，容三百万石。增置北京及通州仓。
京仓以御史、户部官、锦衣千百户季更巡察。外仓则布政、按察、都司关防之。
各仓门，以致仕武官二，率老幼军丁十人守之，半年一更。英宗初，命廷臣集议，天下司府州县，有仓者以卫所仓属之，无仓者以卫所改隶。惟辽东、甘肃、宁夏、万全及沿海卫所，无府州县者仍其旧。正统中，增置京卫仓凡七。自兑运法行，诸仓支运者少，而京、通仓不能容，乃毁临清、德州、河西务仓三分之一，改为京、通仓。景泰初，移武清卫诸仓於通州。成化初，废临、德预备仓在城外者，而以城内空廒储预备米。名临清者曰常盈，德州者曰常丰。凡京仓五十有六，通仓十有六。直省府州县、藩府、边隘、堡站、卫所屯戍皆有仓，少者一二，多者二三十云。
预备仓之设也，太祖选耆民运钞籴米，以备振济，即令掌之。天下州县多所储蓄，后渐废驰。于谦抚河南、山西，修其政。周忱抚南畿，别立济农仓。他人不能也。正统时，重侵盗之罪，至佥妻充军。且定纳谷千五百石者，敕奖为义民，免本户杂役。凡振饥米一石，俟有年，纳稻谷二石五斗还官。弘治三年限州县十里以下积万五千石，二十里积二万石；卫千户所万五千石，百户所三百石。考满之日，稽其多寡以为殿最。不及三分者夺俸，六分以上降调。十八年令赎罪赃罚，皆籴谷入仓。正德中，令囚纳纸者，以其八折米入仓。军官有犯者，纳谷准立功。
初，预备仓皆设仓官，至是革，令州县官及管粮仓官领其事。嘉靖初，谕德顾鼎臣言：“成、弘时，每年以存留馀米入预备仓，缓急有备。今秋粮仅足兑运，预备无粒米。一遇灾伤，辄奏留他粮及劝富民借谷，以应故事。乞急复预备仓粮以裕民。”帝乃令有司设法多积米谷，仍仿古常平法，春振贫民，秋成还官，不取其息。府积万石，州四五千石，县二三千石为率。既，又定十里以下万五千石，累而上之，八百里以下至十九万石。其后积粟尽平粜，以济贫民，储积渐减。隆庆时，剧郡无过六千石，小邑止千石。久之数益减，科罚亦益轻。万历中，上州郡至三千石止，而小邑或仅百石。有司沿为具文，屡下诏申饬，率以虚数欺罔而已。
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