父子两人不断交流着，而斯内克为了梅丽尔，也不断和山猫玩着高压电流穿身体的小游戏。
终于在熬过三次审讯后，灰狐出现了，救下了斯内克。
然后还没有来得及说什么，他又匆匆消失了。
为了解开故事的真相，为了破坏‘合金装备’，小卡尔继续操作着斯内克开始了探索。
直面雄鹿直升机、和雪狼来一场野外狙击大战、再次面对完全体火鸦的怒火...
时间渐渐已经到了凌晨。
但卡尔父子却完全没有任何睡意。
随着游戏的进程不断推进，游戏的故事也渐渐揭开了谜底。
原来并不需要去找额外的两把密匙，斯内克手中的钥匙是一种特殊的记忆金属，在不同温度下，会产生不同的造型。
也就是这把钥匙就是全部钥匙，只需要去不同温度的环境中激活。
只要在输入密码的激活系统中，插入三把钥匙，就能破坏‘合金装备’。
反之如果插入未激活的系统，三把钥匙则会激活启动‘合金装备’。
机会只有一次。
而随着故事的展开，米勒教官更是透露给了斯内克一个巨大的内幕。
在通讯支援小队中，有内鬼，这个内鬼就是内奥米。
斯内克前往摩西岛之前，内奥米给斯内克注射的并不是纳米机器人药剂，通过个人关系，米勒得知国防部秘密研发了一种基因武器‘死狐病毒’。
‘死狐病毒’能通过斯内克接触进行传播，杀死拥有特定基因的敌人。
也就是说斯内克潜入摩西岛，真正目的并不是救人，而是为了杀人。
也就是说贝克总裁和章鱼乔装的唐纳德局长的心脏病，其实并不是意外。
这一切都是内奥米搞的鬼！
很快罗伊上校也证实了米勒的话，因为发现内奥米私自向阿拉斯加发送未知信息，罗伊上校已经逮捕了她，正准备审讯！
看到这个惊天大阴谋，卡尔父子完全惊呆了。
没想到游戏已经快进入了尾声，竟然还有这样的惊天大逆转！
内奥米这个可恶的女人竟然是叛徒！竟然背叛了斯内克！
而一想到之前对话中，内奥米有时有些奇怪的对话，顿时就说的通了。
没想到这个可爱的、一直帮助自己的通讯员，竟然是内鬼！
这个可恶的女人究竟要做什么？
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