初号机被六号机用卡西乌斯之枪穿过胸口钉在地上封印住。
联合国和多方分部为了阻止初号机再一次发动冲击仪式，便以初号机为中心在周围环绕一圈封印柱加以保险。
近三冲击后使得日本小部分地区的人类被反A.T立场核化。
这次的近三冲击并没有造成多大损失，因为渚薰驾驶的六号机在仪式进行中半路就用卡西乌斯之枪给中止。
但后面的第三次冲击很快就会到来。
五个小时后
黄哲田（分身）从宿舍苏醒，他一起来立即打开系统面板刷新道具和技能的页面。
终于刷掉两页后，他终于再次找到一张技能升级卡！
呵，真是天助我也。不过也要好好感谢一下系统。
由于这张升级卡价格有点小贵，但还在自己的积分承受范围内，所以黄哲田毫不犹豫就买下来。
刷新最后一次页面，黄哲田用最后三分之一的积分买下一张一次性道具卡和一个技能。
一次性道具卡——改造之卡：可以把肉体与机械组合在一起，打造新的武器和科技物品。
第二个技能——驾驶机体分身：在原地留影后，可以在远程迅速返回留影，并且能布置多个留影（不超过五个）
黄哲田用升级卡把分身技能再次升级，终于在耀眼的金光下，升级技能出现介绍。
已满级技能——分身技能：灵魂可以在分身和本体两者之间来回切换，没有时间限制和距离限制，但一方出现致命伤害，此技能就此废除。如一方躯体有异常情况可以转移到另外一个躯体。
（该技能已经没有本体和分身之说，宿主可以理解为一个灵魂，两个躯体。）
后面还是用分身和本体两个词来区分。
黄哲田看到升满级的分身技能，内心就瞬间想到自己的剧情计划！
他本体已经使徒化了，那如果本体出现在《终》时期里，自己可以将其转化为新的契约！
自己计划能与碇源堂的计划成功接轨并捆绑在一起，既然这样……
站队的问题就迎刃而解了，至于本体的嘛，就直接留在碇源堂这边当个摄像头。
自己这个分身到时候就留在美里新建立的wille组织里。
但他不想接受美里等人的控制，虽然他的分身不是使徒，但在wille组织还是处处被受限。
算了，到那时候再说吧。有系统的我可不会受任何人的控制。
接下来他要面对的是第十二使徒来袭！
这是引发第三次冲击的开始，也是新剧场版《Q》的开端。
联合国派遣军队把NERV总部周围重兵把守，但由于总部地面的一切防御和堡垒都在力天使战斗过程中几乎全部摧毁，只留下总部的自爆程序。
联合国现在当务之急就是要把NERV总部所有数据保存带走，地下中央教条区域进行封印处理，被封印的初号机也要一并带走。
可以到后面联合国失误，初号机最后还是没有被带走。
NERV总部司令办公室
碇源堂拿着手中的文件静静看，冬月耕造坐在一旁拿着棋谱一边看一边用手在桌子上比划。
就在这时，加持敲门进来。
碇源堂的眼镜反射着白光对加持问：“你们那边处理的怎么样？”
加持咧嘴一笑：“嗐，救灾行动还在。就是转移平民就有些困难，上面大部分区域都被反A.T立场核化，地面污染不适合人类久留。现在的主要任务就是把平民送往其他城市扩散，NERV总部所有成员到指定时间内被联合国护送离开这里。”
碇源堂语气不紧不慢道：“被封印的初号机也要一同转移，现在没有时间把碇真嗣从初号机内脱离出来。而且如果距离下一个使徒很快到来，能应用的机体现在只有两台。”
其实碇源堂就是要让第十二使徒闯入地底下的中央教条区域，从而让六号机下去阻止。
至于为什么要让六号机前往中央教条区域组织？
原因是六号机本身就是月球上被发现的第六个亚当。
被SELLE从中抽离灵魂，巨大的身躯制作如今Mark.06号EVA机体，灵魂则是放入一个少年的躯体，变成第一使徒——渚薰。
亚当的后代回归亚当，莉莉丝的后代回归莉莉丝。
第十二使徒回归亚当也就是融合了Mark.06号EVA机体，在开启第三次冲击仪式的基础上，还要献祭一个使徒。
也就是把莉莉丝给杀掉，然后成功引发第三次冲击，把全球范围的陆地生物差不多全部净化。
第二次冲击净化了海洋，第三次冲击净化了陆地，第四次冲击净化了灵魂。
在《新世纪福音战士：Q》的剧情中，出现的无头初号机并非新生命体，而是初号机在特定状态下的形象。
在第三次冲击发生后，大地上出现了许多长得像 EVA 的红色无头形象，被称为“Infinity”。它们是人类灵魂的物质化，因第三次冲击被中途阻止，没有汇聚到 Guf 之门而形成。在外形上与初号机有相似之处，但并非真正的初号机。
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