值得注意的是，东沙岛上的植物种类和生态环境在近年来得到了进一步的改善和保护。通过科学方法解决绿化难题，多位中科院院士和大量植物学家参与其中，成功改良土壤，并选择了耐高温、耐大风的植物进行种植，如草海桐、三角梅、太阳花等56种。这些努力不仅丰富了岛上的植物种类，还提升了岛屿的生态环境质量。东沙岛上主要植被为灌丛，林投树茂盛，植被良好。岛上都生长着热带性植物、蔓性爬藤植物以及布满矮小灌木，品种有桑树、风桐及野菠等参杂其间，平均高度大约是五米形成了自然林荫。
此外，东沙群岛海域物产丰富，拥有众多的珊瑚、海藻、鱼类和鸟类等生物资源，这些生物资源与岛上的植物共同构成了东沙群岛独特的生态系统。
此外，岛上驻守官兵还亲自种植了一些蔬菜，蔬菜种类大致分为：甘蓝菜（结球很小）、结球白菜、番茄、四季豆、萝卜等，夏季以栽培瓜类为主，如南瓜、丝瓜。偶尔还种植西瓜，其他如红豆、辣椒、苋菜、空心菜等也有栽培，丰富了岛上的植物种类。
生活在东沙群岛周围的的动物种类较多，具体有①.鱼类：海洋中的海洋生物资源丰富，根据调查珊瑚礁鱼类超过500种，其中数种极为罕见。②.鸟类共有140余种，大多属于候鸟，在1866年，发现有大量白腹鲣鸟的繁殖族群，如今已经消失，遗留下来的鸟粪也在日本占据时代开采殆尽。③.珊瑚类有300种以及120种海藻，在环礁范围内形成了美景。④.无脊椎动物也有近40种，这些资源不仅在海洋科学教育上具有重大意义，在环礁地形与海洋生态上也是无与伦比的。⑤.玳瑁:夏秋交替之际，据称岛上常有大批出现，在沿岸沙丘产卵繁殖。
玳瑁（学名：Eretmochelys imbricata），又称鹰嘴海龟，是海龟科玳瑁属的一种爬行动物。这种生物主要生活在热带和亚热带的海洋中，包括南沙群岛附近的海域。玳瑁的体型较大，背甲长度通常在62.5至114厘米之间，体重在35至127千克左右。它们的头部相对窄小，吻部略长，头部和四肢覆盖着对称光滑的鳞片。玳瑁的四肢呈桨形，外侧各具有二个小爪，尾巴很短。其背甲呈现出棕褐色，带有深浅不一的环状斑和浅黄色的小花斑，其头部是粟色，每个鳞片中间有黄色条纹，具有光泽。玳瑁的生活习性独特，它们大部分时间都是独居的，只在交配时才会相遇。玳瑁具有较强的迁徙能力，生活在从开阔海洋到咸水湖，甚至港口的红树林地区等多样环境中。它们主要以珊瑚礁中的海绵为食，也会捕食甲壳类、藻类和鱼类。玳瑁的繁殖期在每年的3到4月，雌龟在一个产卵期内会分三次产卵，每次产卵130至200枚。这些卵是球形的，白色，壳软有弹性，孵化时间大约需要两个月。玳瑁的寿命通常在30至50年左右。由于人类捕杀、海滩破坏以及繁殖率较低等原因，玳瑁的种群数量正在减少，目前已被列为国际濒危物种和中国国家一级保护动物。
玳瑁所吞食的海绵是一类多孔动物门原始多细胞水生动物的统称。它们没有嘴，没有消化腔，也没有中枢神经系统，全身布满了小孔，里面长着许多鞭毛和一个筛子状的环状物，便于进食。在海水中多数是灰黄色、褐色或黑色的块状物。海绵分布在世界各大洋中。大多数。生活在海水中，少数生活在淡水里。能够靠海绵碎片或者脱落的突起物进行无性繁殖。淡水中的海绵能生成一种对环境变化抵抗力很强的结构，称之为“芽球”。当母体死亡，芽球就会脱落。海绵没有性腺，大部分海绵都是雌雄同体的，偏好异体受精。配子源自于原细胞（携带营养物质的变形细胞）或者失去鞭毛的领鞭毛细胞。海绵的幼虫主要有四种。海绵是最原始的多细胞动物，不但是今天所有动物最直接的祖先，还可药用或净化海洋污染。大约从古埃及时期开始，直至今日，海绵动物都被人用来洗澡，尤其是那些海绵是最原始的多细胞动物，不但是今天所有动物最直接的祖先，还可药用或净化海洋污染。大约从古埃及时期开始，直至今日，海绵动物都被人用来洗澡，尤其是那些骨骼特别柔韧带角质的。最近，人们发现了一系列海绵所产生的化合物，这些化合物具有极高的药理学和工业价值。因其对污染物的敏感性，海绵经常被用作环境监测的生物指标。
在矿产资源方面上，公元2006年，中国科学家在南海东沙群岛西南部海域新发现了潜在的可燃冰发育区。位于该区域内的东沙群岛西南部海域存在与甲烷冷泉直接相关的冷泉碳酸盐结核，具有喷溢多期性和甲烷通量多变等特点，这一带的海底可能发育有浅埋藏的可燃冰。
六月中下旬的东沙群岛海洋上，正值梅雨季节末期，“鲲鹏”一号在抵达南海附近的巴士海峡时，东沙群岛海域就早已经是雨后第二天转为晴天了。
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