在二十一世纪初期的2025年为止，全球的蓝鲸数量估计仅仅只有10,000-25,000头之间，其中南极种群是最大的一支，但依然远远低于历史水平（30万头以上）。
在国际保护行动上，1966年国际捕鲸委员会（IWC）通过决议，全面禁止商业捕鲸，对蓝鲸的保护起到了关键作用。
《全球禁止捕鲸公约》得到了大多数国家的认可，但仍然有个别国家并没有加入或存在争议（如日本、挪威、冰岛曾继续“科研捕鲸”）。
为此，海洋保护区的设立势在必行，二十一世纪，有识之士提出了在南极等蓝鲸重要栖息地由国际社会推动建立海洋保护区（MPAs)，限制工业捕捞与船舶活动，保护其食物来源与生存环境。
蓝鲸依然存在不少现代威胁，尽管捕鲸已经大幅度的减少了，但是蓝鲸仍然面临多种威胁:例如船舶撞击，尤其是航道繁忙区域；还有来自海洋的噪音污染，主要来自船只、地震勘探等，干扰了其声学通讯。由于气候变化，影响了磷虾分布与数量，进而影响蓝鲸食物来源；而渔业误捕（兼捕）与海洋污染（塑料、重金属等)，也对蓝鲸的生存造成了一定的影响。
那么，人类该如何与蓝鲸共存呢？
积极的保护措施包括：全面禁止商业捕鲸，加强国际法律与政策（如IWC、CITES等）；建立海洋保护区与禁航区，发展生态旅游，推广“负责任观鲸”，进行科学研究与监测（卫星追踪、声学监测等），减少海洋污染、控制航运噪音、应对气候变化。
每个人可以做的就是支持海洋保护组织，减少一次性塑料使用，选择环保的旅行方式，尊重野生动物，关注并传播蓝鲸保护知识。
从神秘巨兽到大规模捕杀对象，蓝鲸曾经遭遇到人类的严重杀肆，现今作为人类重要的珍贵研究对象，帮助人类理解海洋生态与海洋生物的共生互荣关系，展望这种出现在文学和影视作品中作为自然伟力与生命奇迹的象征，曾经是重要的经济资源，如今已经成为生态旅游和科研上国际社会重点保护的特别珍惜的海洋生物物种。
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