雷吉洛克一出现就朝小智他们发动了攻击，躲在后备箱的武藏和小次郎也被雷吉洛克吓了一跳。
雷吉洛克头上光点闪烁发射了破坏光线，路卡利欧的波导弹冲破之后打中了雷吉洛克，路卡利欧带着几人逃走了。
雷吉洛克钻入地下追了过去，小智一行人往洞穴里跑去。
路卡利欧道:“雷吉洛克攻击我们是因为让我们不要靠近可能是对入侵者的防卫。”
几人穿过洞穴终于来到了世界之树，这里还保持着远古时期的生态情况，各种化石神奇宝贝在这里随处可见。
琪朵道放出了调查模具和班克斯通话道:“这里是创世之树的正下方。”
几架小型无人机在收集创世之树的数据，如果这数据传到外面足以震撼整个世界。
雷吉斯奇鲁踩烂了一个无人机
班克斯报告道:“这座岩石山是活着的，大自然所创造的矿物生命体吸收了光能活了几万年。”
小智一行人来到更上一层，小智喊道:“皮卡丘、阿勃梭鲁在的话回答一声！”
阿勃梭鲁身上佩戴的超进化石闪烁光芒，皮卡丘也似乎听到了声音他们朝小智的位置跑去。
皮卡皮~
阿勃~
小智往上跑:“皮卡丘、阿勃梭鲁！”
雷吉艾斯~
雷吉艾斯出现一道急冻光线打来，玛夏多用影子球抵消了。
玛夏多道:“我拦住它，你们走。”
小智道:“知道了，找到了皮卡丘他们就会来找你。”
玛夏多笑着看小智他们离开转头对雷吉艾斯说道:“大冰块，你的对手是我。”
雷吉艾斯再次发出急冻光线，玛夏多身形一闪，轻松躲开。
玛夏多快速移动，绕到雷吉艾斯身后，使出了暗影盗袭打中了。
雷吉艾斯先用锁定，然后使用了暴风雪，中了锁定的玛夏多没法躲这一击正面打中。
玛夏多握紧拳头说道:“可恶的大冰块。”
小智一行人又回到创世之树迎面就看到掉下来的武藏和小次郎。
“就算是小鬼头也无所谓了。”
“他们两个追上来了。”
几人抬头一看是雷击洛克和雷吉斯奇鲁。
耿鬼、念力土偶主动从精灵球里跑了出来。
雷吉斯奇鲁的破坏光线打来，念力土偶用破坏光线、耿鬼用影子球勉强抵挡。
小智一行人拼命往前跑又来到外面了在一条窄小的路上小心行走。
在几人穿过之后路卡利欧用波导弹把这条路打断了。
侦查的无人机悉数被水晶吸收，武藏、小次郎也被摇篮百合和多刺菊石兽样子的能量体吸收了之前他们放出神奇宝贝让他们逃离。
雷吉洛克和雷吉斯齐鲁再次出现
“耿鬼和念力土偶被他们打倒了。”
琪朵道:“还不是说这些的时候快跑！”
班克斯道:“这是类似于白血球的物体是为了消灭体内的细菌。”
耿鬼和念力土偶躺在地上
耿鬼道:“可恶啊！挡得住第一波挡不住第二波，就这样放他们两个过去了。”
念力土偶用了睡觉在恢复体力。
梦幻、皮卡丘、阿勃梭鲁、喵喵也来到了这里。
喵喵:“好严重的伤啊。”
耿鬼道:“被雷吉洛克和雷吉斯奇鲁打的， 我们是不要紧，小智他们可还在被追杀。”
梦幻用了神秘水滴帮耿鬼恢复体力。
小智和路卡利欧决定吸引雷吉洛克和雷吉斯奇鲁的注意。
“出来吧蜥蜴王，黑鲁加，形态进化，心灵升华，蜥蜴王、黑鲁加超进化！”
路卡利欧在一旁大受震撼:“这个是什么？他们的样子改变了。”
“这个是超进化，训练家和神奇宝贝心念相通然后有相应的超进化石，钥石缺一不可，增强神奇宝贝力量的表现。”
“蜥蜴王对雷迪洛克用种子机关枪，黑鲁加对雷迪斯奇鲁使用喷射火焰。”
两道攻击打在他们身上虽然属性占优，但是等级相差太多了见正面打不过，小智和路卡利欧走另一条路离开了。
另一边的小遥三人不乐观全部被能量体吸收了神奇宝贝们从精灵球里被放了出来。
小智用波导和超进化之间的感应找到了皮卡丘和阿勃梭鲁。
耿鬼道:“小智！”
小智道:“耿鬼、念力土偶，你们没事啊。”
玛夏多身上有一些伤痕地从影子里出来:“虽然有些曲折，但我还是跑来了。”
琪朵解释大家全部被那些能量体吸进去了，几人继续往前跑结果路卡利欧被雷吉斯奇鲁抓住了，小智和琪朵也被能量体困住。
小智把身上所有的神奇宝贝放了出来道:“对创世树来说就是人类就是异类，可恶，这题无解该困还是要被困。”
琪朵也放出了他的两只玛狃拉
所有的神奇宝贝流下了眼泪，喵喵在一旁看着，梦幻把小智的帽子给皮卡丘之后用他的力量把水晶变成绿色，几人全都回来了。
神奇宝贝们都压在小智身上
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