利多利阿斯事件后，地球和平了10天。
这期间，原本在SRC宇宙开发中心工作并在镝矢岛慈善兼职实习的武藏，经日蒲队长的邀请，加入了EYES。
队长觉得武藏有能读懂利多利阿斯真心的能力，而这种对“真心”的理解，或许就是EYES现阶段最需要的。
毕竟，现实很骨感：EYES的怪兽救援计划几乎很少成功。
但是，理想更加不能抛弃：在利多利阿斯事件中有奇迹表现并奇迹生还的武藏，或许能为EYES带来改变。
不过，武藏的加入，在队内却掀起了不一样的影响：
胖胖的科学家土井垣，以及活泼开朗的绫乃，对武藏表示了热烈欢迎。
但一向沉稳的忍副队长，对武藏从事故中生还的“奇迹”表示了好奇。
潜台词是觉得只靠运气的武藏可能在这条路上走不长远。毕竟，这份工作远比想象中复杂。
风吹队员更离谱，直接在武藏自我介绍并对EYES宗旨感到认同时，鼓掌奚落他是个纸上谈兵的理想化小鬼。
正当队内氛围因此陷入凝重之时，警报响起，C-3地区出现了异常能量反应。
调出现场画面后，正是再临的卡欧斯病毒！
卡欧斯病毒像打击R-2地区那次一样，从空中往地面射出了金色能量光束。
不过，这次的金色能量光束没有太大的破坏力，而是惊出了地底的怪兽——高尔美第。
高尔美第，是SRC捕捉失败过的怪兽，个性凶暴、富有攻击性。
并且，被惊出地面后，它开始往60公里外的市区走去。
于是，武藏加入EYES的第一次任务，就成了副队长口中“面对现实”的阻止/捕获高尔美第。
……
EYES很快赶往了现场，
王羽三人也在附近。
“不行！这些卡欧斯病毒像有意识又无法沟通的集合体，只有高斯将它们净化，我才能解析！”
王羽皱眉说道。
卡欧斯病毒刚出现时，他就尝试将其所有都捕捉收集。
但现实是，这些卡欧斯病毒的性质诡异到离谱，哪怕是掌握着旧日支配者不可名状之力的王羽，也根本摸不透。
甚至王羽用魔迪巫斯的能力，都没法对天然状态的卡欧斯病毒发起解析！
天然状态的卡欧斯病毒，有一种令王羽都汗流浃背的特殊防护。
也就是说，不经高斯净化，王羽拿卡欧斯病毒一点办法都没有！
这很不寻常！因为王羽的极限战力已经摸到了神四级别的门槛，按理说根本不至于在面对卡欧斯病毒时这么无力…
“怎么会…这些卡欧斯病毒…究竟什么来头？”
见一向无所不能的王羽都毫无建树，格兰关切安慰的同时，不由内心剧震。
“格兰姐和我说过，卡欧斯病毒有点像你们基地的守护神叶腐。
但除此之外，我怎么觉得，它们也和你手中的「生命之核」有些类似？”
美咲眉头紧皱，不吐不快地讲出了自己的发现。
“卡欧斯病毒的本质…比我想象的要复杂…
好在我和高斯达成了合作，目前还是等他先出手吧。”
王羽经美咲提点后灵光一现，最终决定静观其变。
……
EYES抵达后，
队长虽然疑惑为何卡欧斯病毒要唤醒高尔美第，但仍然部署了作战：
用抑制弹将怪兽的能源热量降到10%后，再用镭射网罩捕捉。
在此期间，土井垣给卡欧斯病毒取了个代号——卡欧斯头部/混沌之首（Chaos Header）。
……
第一次出任务的武藏紧张得表情凝重，副队长忍告诫他认清现实：
不是所有怪兽，都和利多利阿斯一样温顺。保护怪兽这份梦想，需要比口号更深层次的觉悟与决心。
武藏、土井垣、忍副队长三人搭乘的战机成功用镭射网兜住了高尔美第。
但是，高尔美第突然暴走，强大的力量瞬间将战机拉坠！
三人被迫紧急落地，高尔美第往坠毁的战机袭来。
然而屋漏偏逢连夜雨，主驾的副队长被卡在驾驶室无法脱出…
“这就是现实，保护怪兽和保护动物不同。那悬殊的体型和力量，便是难以逾越的深渊。
虽然我也是秉持着哪怕不惜生命也要多救一只怪兽的信念才加入EYES…但现在…”
面对绝望的现实，副队长对武藏的话，甚至带了几分遗言性质…
“不要放弃！只要努力到最后一刻，就一定会出现奇迹！”
武藏一边标准男主发言，一边使出吃奶的力气掰开困住副队长的残破装置。
“又是奇迹这种虚无缥缈的东西…你上次得救不代表这次…”副队长遗憾叹息。
而此时，虽然队长和风吹乘坐的另一架战机朝高尔美第发起了威慑攻击，但愤怒的高尔美第脚步丝毫不受阻挡，往地上的战机踏去！
然而，正当惨剧即将发生之时，令所有人意想不到的事发生了：
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