就在地球陷入一片混乱之时，林宇、莉莉博士与周浩然三人驾驶着星际飞船探索号，穿越时空虫洞，如流星般划过无尽的黑暗，最终抵达了这个神秘的平行宇宙。
他们的到来，仿佛是在平静的湖面投下了一颗巨石，激起了千层浪。
他们穿越平行宇宙所造成的巨大能量波动，也如同涟漪一般，迅速扩散开来。这股能量波动穿越了宇宙的边界，惊动了正在向地球赶来的佐菲奥特曼。
佐菲奥特曼，这位宇宙警备队的队长，感受到了这股异常的能量波动后，立刻意识到了事情的严重性。他毫不犹豫地改变了自己的航线，加速朝着能量波动的源头飞去。
佐菲奥特曼之所以突然来到地球，是因为初代奥特曼在地球上的所作所为，严重违背了光之国的禁令。
更为重要的是，这一事件让宇宙中所有掌握巨大化科技的外星人得知，地球人类是制造生物兵器的绝佳材料。
地球拥有多达数十亿的人口，一旦这些心怀不轨的外星文明得逞，将意味着多出数十亿强大的生物兵器，这无疑会对整个宇宙文明造成巨大的威胁。
为了防止这种可怕的后果发生，光之国决定派遣佐菲奥特曼带着最终武器芝顿，彻底毁灭地球人类，以绝后患。
林宇三人的任务就是帮助这个平行宇宙的地球，摆脱被光之国芝顿毁灭的命运，并彻底扭转光之国对地球人类的看法。
在经过一番深思熟虑后，林宇三人决定先与地球上的祸特队取得联系，了解地球的现状，并寻找解决问题的方法。
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