天皇决定和谈的决定让日莲深感意外，他知道之前蒙元曾先后派出了7次使节，前来日本商谈朝贡的事，京都方面觉得可以和谈并提出自己的要求，但幕府坚决拒绝朝贡和谈，拒绝倒也罢了，还7次杀害了前来商谈的元使。
杀害对方来使可以说是对蒙元的蔑视和侮辱，本来北条只想把他们赶走，但在日莲及一众强硬派的怂恿下，把使节全部斩首示众了，主要是10年前幕府曾大败元军，“神风”摧毁元寇船队使绝大部分人坚信，天照大神在护佑“神州”，因此，什么朝贡，幕府根本嗤之以鼻。
但是这次不同，“神风”并未光顾“神州”，元寇伙同丽军，大举入寇，幕府一败再败，诸藩也完全无力抵挡；其实，10年前之事，日莲法师作为亡国宗室，非常清楚，那不过是偶然，之所以元寇后来没有马上报复，是征宋的缘故。
但他这亡国之人也不好说破这事，他只能劝说镰仓跟京都和解，但北条等人认为藤原的失利主要是当初对少贰景资等北九州诸藩不公平造成的，因而没有听从他的建议，他眼见幕府大祸临头，又还想靠别人来抗元，于是断然离开了待他如上宾的北条，投奔了京都。
如今果不其然，幕府连连大败，有生力量损失大半，他并不清楚北条等人已经决定归顺天皇的事，只是眼见镰仓已摇摇欲坠，为了给京都增加些力量，他一力策划了镰仓的政变和兵变。
本以为天皇会就此整合各方力量，与元寇决一死战，谁想，等来的却是天皇的和谈谕令。
虽然日莲知道京都很早就主张议和，也同意朝贡，但如今元寇已经打上门来，北九州已全部沦陷，南九州也岌岌可危，本州也有三分之一落入元寇之手，银矿已被元寇牢牢掌控并大规模开采，这种情况下，议和，跟投降有什么区别呢。
难道天皇是被元寇吓破了胆，从镰仓兵变前夜的商议看，应该不是；
天皇不仅没有吓破胆，反而甚至比幕府更骄傲，完全没把元寇放在眼里（尽管日莲认为不能轻敌），那为什么要和谈呢，难不成让元寇自己退走，甚至反过来向天皇朝贡，呵呵，怎么可能哦，日莲摇摇头，一脸的苦笑。
后醍醐天皇和他的一众家臣、侍从，其实从未把日莲当成自己人，只是这人一直被镰仓待为上宾，对镰仓的情况了如指掌，需要他提供信息和给出对付的方略，另外，他又是前宋亡国宗室，对元寇的战力和各方面情况也很了解；
所以，利用价值是很高的，这才一而再、再而三的请他过来京都，并给了他一个国师的头衔，但绝不意味着会对他言听计从，一些真正机密的大事，甚至不让他参与，尤其是镰仓兵变之后。
日莲其实也有所察觉，但是，他如今虽然身负家国深仇，但却无力也无法改变什么，他只能指望靠他人的胜利完成自己复国的愿望（尽管他自己都觉得，希望渺茫）。
京都，天皇皇宫，家臣楠木、侍从新田以及由“西国”各藩推举的2位“总奉行”，一起商议机密要事。
日莲被排除在外，天皇首先开口“有赖诸位爱卿同心协力，攘灭镰仓，总算恢复了皇国法统，但如今东国诸藩之事仍未了解，元寇又步步进逼，诸位爱卿看如何措置，可保皇国万年基业”。
新田犹豫了一下道“东国24藩原有一半在足利、新兵卫、石田总领下，目前都已归顺，尽管陛下对这三家都做了宽大处理，他们祖上在‘承久之乱’中夺自西国诸藩的财富和地头可以暂不用归还；
但这三家在兵变中部曲家臣都损失严重，那么多的地头实际也无力耕作，所以他们自愿交出了多的地头，陛下仁义，对他们此举多有犒赏，所以，这三人所领12藩已经全部处理好了，其部众很快也能为陛下所用；
但是其余12藩一直是效忠北条家的，在兵变时有4藩派兵来援镰仓，现已全部被侍卫皇军和僧兵击溃并投降，陛下已经赦免他们之罪，只要他们立据效忠陛下，并把‘承久之乱’中夺自西国诸藩的地头和财富归还即可，现在这4藩已经算是平定了”。
“怎么叫算是呢“天皇听出了弦外之音，问道，新田还没回答，那两个”总奉行“接话道”禀陛下，当年‘承久之乱’，西国诸藩损失惨重，如今镰仓覆灭，仅仅让他们归还当初的掠夺是不够的，必须让东国诸藩付出代价“。
天皇大概明白了这个意思，他想了下，问道”那几位爱卿准备如何对待东国剩余诸藩呢”；
“立据效忠陛下的4藩，除归还当初全部夺自‘西国’诸藩的地头财富外，尚需没收剩余三成土地、财富、子女和人口，一半作为对‘西国’诸藩的赔偿，一半归陛下所有；
至于不肯投降归顺的8藩，彻底剿灭，去除藩国，全部土地、财富、子女和人口，由‘西国’诸藩和陛下瓜分”楠木代表大家说道。
“这...，难不成又要打仗，朕想都赦免他们，如何”后醍醐天皇显然有些为难，他对国内这种无休止的“县战”已经厌倦了，很想像中原的皇帝一样，天下一家，皆为皇民。
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