皮卡丘已经将自己认为是火箭队的一员，面对大针蜂的袭击、面对食物分享问题，皮卡丘都对喵喵挺不错的，还将苹果分开一半给喵喵，两只宝可梦赶路回去的时候，遇到很多情况，都是相互帮助的。
有时候，喵喵都差点被皮卡丘给攻略的。
现在的皮卡丘多少是受到了小智的影响，以前可是很叛逆的.......大木博士看着白光幕里边的皮卡丘跟喵喵之间的友好相处。
不久，回到火箭队的秘密小屋，武藏跟小次郎得知了皮卡丘失忆，便跟喵喵一起哄骗它，小次郎还让皮卡丘趴在他的肩膀上，一时间小次郎还有点承受不住。
果然是超级真新人，皮卡丘趴在肩膀上都跟没事一样.....众人心想。
经过大王燕跟水跃鱼的寻找后，小智一行人终于是找到了皮卡丘，但皮卡丘就被火箭队三人组给忽悠了，误以为小智是过来抓它的坏人，听从火箭队的指令对小智发出十万伏特。
但小智依旧是上去要带回皮卡丘，连宝可梦都放出来，因为不忍心。
火箭队利用热气球逃跑，小智直接爬上去，他是不可能放弃皮卡丘的。
因为皮卡丘的十万伏特导致整个热气球爆炸，小智保护皮卡丘掉下了河里，一醒来就发现皮卡丘恢复了记忆。
火箭队三人组也掉下来，最后吃了皮卡丘的十万伏特之后，全都被飞了。
找回了皮卡丘之后，小智一行人终于是来到了水静市。
小遥要参加这里的宝可梦华丽大赛，因此结识了名为加奈的女孩，还跟着学习做能量方块，而小智在让大王燕学习燕返的时候，认识了一位老爷爷，他是专门教授飞行宝可梦学习这个燕返招式的，还有专属练习燕返的练习场。
到了第二天的宝可梦华丽大赛，小遥跟力壮鸡惊险的拿下了这一场比赛，差点输给了加奈的噗噗猪，幸好小遥危机时刻灵机一动，利用火焰旋涡破解精神干扰，最后还救下了噗噗猪，不仅拿下了比赛，还赢得了夸奖。
对手也是心服口服。
旅行经过了很多地方，而火箭队三人组也是经常出来捣乱，还是为了能够捕捉皮卡丘。
这不，他们偷偷在船上用网捕捉皮卡丘，但最后又是全部一起被皮卡丘的十万伏特给命中，火箭队三人组是被电飞了，但他们也不好受，一样被电飞。
最后他们意外的进入了熔岩队的潜水艇，从而得知了熔岩队的计划，原来两边人都是为了阻碍对方的计划，分别将对方所要唤醒的传说中宝可梦给关了起来。
熔岩队捕捉盖欧卡，而熔岩队则是要捕捉固拉多，现在双方都没办法，互相拥有了彼此都无法控制的宝可梦。
他们所得到了蓝色宝珠只能控制固拉多，红色宝珠只能控制盖欧卡，双方都准备要交易宝珠，正在前往莫斯岛相约会面，而阿渡出来破坏这个计划，意外发现了小智，但珠子却是钻进了皮卡丘体内！
被珠子控制以后的皮卡丘性情突然变得十分凶暴！攻击力也是相当的惊人！
蓝色宝珠、红色宝珠隐藏可以控制超古代宝可梦的能量，跟蓝色珠子融合的皮卡丘会受到影响，心智会被控制的。
.......
【翔太：阿渡天王好忙，在各大地区来回活动，铲除邪恶组织。】
【御龙渡：为了防止那些人利用传说中的宝可梦做坏事，我只能到处跑了，熔岩队跟海洋队还算不错，起码最后还是改邪归正，原地解散。可不像某些人组织，失败了那么多次，甚至还差点把命给丢了，都还是继续那虚无的计划。】
说的不会是坂木老大吧......火箭队三人组心想。
.......
红色宝珠控制了水舰队的老大，从而跟盖欧卡一起兴风作浪，到处搞破坏。
而固拉多因此醒来，跟蓝色珠子融合的皮卡丘跳在了固拉多头上，阻止被控制的盖欧卡。
小智一行人跟阿渡一起合作，盖欧卡被固拉多给打醒了，红色宝珠、蓝色宝珠分别从海洋队老大、皮卡丘身上出来，融合在一起消失了。
从此，可以控制固拉多与盖欧卡的东西不复存在，一切的事件终于落幕！
固拉多、盖欧卡回到自己应该要去的地方。
危机解除了，小智一行人终于是来到了绿岭道馆。
因为绿岭道馆是需要进行双打对战的，馆主小枫与小南各自派出太阳岩与月石，而小智派出皮卡丘跟大王燕。
一开始小枫与小南跟当初的小智与小遥进行双打对战一样，没有什么默契，还互相吵了起来，而火箭队三人组出来助攻，这次助攻的不是小智，而是绿岭道馆的小枫与小南。
他们立马就有了默契，皮卡丘跟大王燕的攻击都被月石跟太阳岩相互配合下挡了下来，在月石以及太阳岩的配合攻击下处于下风。
此时，小智灵机一动，想到了破局之法。
就让皮卡丘使出了打雷。
打雷直接覆盖住了大王燕跟皮卡丘。
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