维度危机解决后，两个宇宙步入快速发展时期。启程和程彤彤却并没有闲下来，他们开始研究如何更好地利用能量中和器产生的新能源。可是，一天，在对新能源样本进行检测时，程彤彤发现了异常的能量波动。这波动不同于以往任何已知的能量表现，仿佛隐藏着某种未知的危险。
他们顺着波动源追查，发现这股波动竟来源于当初那些保守势力所在的区域。原来，一些心怀不轨的人在暗中篡改能量中和器的数据，试图制造混乱以证明自己当初反对意见的正确性。
启程和程彤彤迅速采取行动，他们带着最新研制的能量抑制器前往事发地点。抵达后，他们一面抵御那些人的攻击，一面修复能量中和器的数据。经过一场激烈交锋，他们成功阻止了恶意篡改行为，恢复了能量中和器正常运转。
经历此事，两个宇宙更加深刻认识到启程和程彤彤的先见之明，而他们也继续守护着两个宇宙的安宁与发展。
然而平静的日子没过多久，一种神秘的疾病开始在两个宇宙蔓延。患病者先是丧失能量控制力，而后身体渐渐虚化。启程和程彤彤意识到这背后定有蹊跷，决定展开调查。
他们走访各个星球与文明，收集病症数据。在调查过程中，发现所有患者都曾接触过一种新型的能量矿石。这种矿石看似普通，实则被人植入了一种特殊的病毒代码。
经过艰难追踪，他们锁定了幕后黑手竟是上次危机中残留的反动势力。这些人不甘心失败，与外星系邪恶种族勾结，企图用这种方式颠覆两个宇宙的和平。
启程和程彤彤率领医疗与科研团队，争分夺秒地研发解药。同时，他们布置防御网，阻止反动势力进一步传播病毒矿石。在关键时刻，解药研制成功，患病者被治愈。
接着，他们带领联合部队向反动势力发起总攻。凭借高超的战略战术，成功击败反动势力及其外星盟友，再次扞卫了两个宇宙的安宁与发展。
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