高贵乡公曹髦即位后，王基被晋升为常乐亭侯。当时，毋丘俭和文钦发动叛乱，王基被任命为行监军，持节统领许昌的军队，正好在许昌与景王司马师会合。司马师问王基：“你认为毋丘俭他们怎么样？”王基回答说：“淮南的叛乱，并不是当地的官吏和百姓想要造反，而是毋丘俭等人欺骗、威胁、强迫他们，让他们害怕眼前的杀戮，所以才聚集在一起。如果我们的大军压境，他们一定会土崩瓦解，毋丘俭和文钦的首级在当天早上就会挂在军营门口了。”司马师说：“好。”于是命令王基驻扎在军队的前面。
当时，大家都认为毋丘俭和文钦非常剽悍，很难与他们正面交锋。朝廷下诏让王基停止前进。但王基认为：“毋丘俭等人调动军队足以深入内地，但他们却久久不前进，这说明他们的阴谋已经暴露，军心已经动摇。现在如果不展示强大的军威来满足百姓的期望，却停军在高垒之中，这看起来就像胆小怕事，这不是用兵的策略。如果他们掠夺百姓，再加上州郡的士兵被敌人俘虏，那么这些人就会心怀离心；毋丘俭等人所强迫的人，因为担心自己的罪行严重，也不敢再回来，这就把军队放在了无用之地，反而成了奸邪的源头。如果吴国的敌人趁机进攻，那么淮南地区就不再是国家的领土了，谯、沛、汝、豫等地也会陷入危险之中，这是战略上的重大失误。我们的军队应该迅速前进，占据南顿。南顿有大型的粮仓，足够军队四十天的粮食。我们坚守坚城，依靠积存的粮食，先发制人，这是平定叛贼的关键。”王基多次请求，司马师才同意他前进占据氵隐水。到了那里后，王基又说：“用兵讲究的是宁拙毋巧，速战速决，而不是拖延时间。现在，外面有强大的敌人，内部有叛乱的臣子，如果不及时解决，事情的发展就难以预料了。大家都主张将军要谨慎行事。将军谨慎是对的，但停军不进就不对了。谨慎并不是说不能行动，而是要让敌人无法侵犯。现在我们占据坚城，坚守壁垒，这等于把粮食送给敌人，还要靠运输来供应军队的粮食，这可不是好办法。”司马师想等各路军队都集结到后再做决定，但还是没有同意。王基说：“将军在军队中，有些命令是可以不接受的。敌人得到南顿对我们不利，我们得到南顿对敌人不利，这就是所谓的争夺战略要地，南顿就是这样的地方。”于是，王基果断地进军占据了南顿。毋丘俭等人也想争夺南顿，但出发了十几里后，听说王基已经先到了，又退回坚守项城。当时，兖州刺史邓艾驻扎在乐嘉，毋丘俭派文钦带兵去袭击邓艾。王基知道敌人的兵力分散了，就进军逼迫项城，毋丘俭的军队于是被打败。文钦等人被平定后，王基被提升为镇南将军，都督豫州诸军事，兼任豫州刺史，进封为安乐乡侯。他上书请求分出二百户，赐给他的叔父的儿子王乔关内侯的爵位，以报答叔父养育的恩德。朝廷下诏特别同意了他的请求。
诸葛诞反叛时，王基以原来的官职代理镇东将军，都督扬、豫诸军事。当时，大军驻扎在项城，因为敌军兵力强大，朝廷下诏让王基收缩兵力，坚守营垒。王基多次请求进军讨伐。正好吴国派朱异来救援诸葛诞，驻扎在安城。王基又被下诏命令率领各军转移到北山驻扎。王基对众将说：“现在我们和敌人对峙，应该像山一样稳固。如果转移兵力去占据险要之地，就会让敌人有机可乘，即使有智谋的人也很难挽回局面。”于是，他根据实际情况上书说：“现在和敌人对峙，应该像山一样稳固。如果转移兵力去占据险要之地，就会让人心动摇，这对形势非常不利。各军都占据着深沟高垒，军心稳定，不能轻易动摇，这是用兵的关键。”奏章呈上去后，朝廷同意了他的做法。大将军司马昭进军驻扎在丘头，分别部署包围防守，各自负责一部分。王基负责督管城东和城南的二十六军，司马昭命令军吏进入镇南将军的防区，一个人都不能派遣出去。城中的粮食吃光了，敌人日夜进攻营垒，王基每次都坚决抵抗，把敌人打败。寿春被攻破后，司马昭给王基写信说：“当初，大家议论纷纷，要求转移的人很多。当时我还没有亲临前线，也认为应该转移。将军深入分析了利害关系，独自坚持自己的意见，上违背了朝廷的命令，下拒绝了大家的议论，最终打败了敌人，捉住了叛贼。即使是古人所描述的情况，也没有超过将军的。”司马昭想派遣众将带领轻兵深入敌后，招降唐咨等人的子弟，趁机消灭吴国。王基劝谏说：“从前，诸葛恪凭借东关的胜利，调动了江东的全部兵力，包围了新城。新城没有攻下来，而自己的士兵却死了一大半。姜维凭借洮上的胜利，轻兵深入敌后，但粮食供应不上，军队在上邽被消灭。大胜之后，上下容易轻敌，轻敌就考虑不到困难。现在敌人刚刚在外部失败，内部的祸患还没有消除，正是他们加强防备、考虑对策的时候。而且我们的军队出征已经一年多，士兵们都有回家的想法。现在我们已经俘虏了十万敌人，捉住了罪人，从历代的征伐来看，没有像我们这样全军独胜的。武皇帝在官渡打败袁绍，认为自己已经收获很多，没有再追击，是害怕挫败自己的威风。”司马昭于是停止了行动。因为淮南刚刚平定，王基被调任征东将军，都督扬州诸军事，进封为东武侯。王基上书坚决辞让，把功劳归给参佐人员，因此长史司马等七人都被封为侯爵。
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