边章、韩遂听说大军快到了，党羽纷纷离散，都请求投降。军队返回后，议事的人认为军队没有和敌人正面交锋，就没有评定功劳赏赐，但听说孙坚列举了董卓的三条罪状，劝说张温杀他，没有不叹息的。朝廷任命孙坚为议郎。当时长沙的贼寇区星自称将军，聚集了一万多人，攻打城邑，朝廷就任命孙坚为长沙太守。孙坚到郡后，亲自率领将士，施展谋略，一个月左右，就打败了区星等人。《魏书》说，孙坚到了郡里，郡中的人都被震慑服从，他任用贤良的官吏，告诫官吏们说：“好好对待善良的百姓，处理官府的文书，一定要遵循规矩，把盗贼的事交给我。” 周朝、郭石也率领部众在零陵、桂阳起兵，和区星互相呼应。孙坚于是越过郡界去征讨，三个郡都安定下来。汉朝根据孙坚前后的功劳，封他为乌程侯。《吴录》说，当时庐江太守陆康的侄子做宜春县长，被贼寇攻打，派使者向孙坚求救。孙坚整顿军队前去救援。主簿进言劝阻，孙坚回答说：“我作为太守没有文德，就以征伐立功，越过郡界讨伐贼寇，来保全别的地方。如果因此获罪，在天下人面前有什么可惭愧的呢？” 于是进军前去救援，贼寇听说后就逃跑了。
汉灵帝驾崩后，董卓独揽朝政，在京城横行霸道、肆意妄为。各州郡纷纷发起义兵，想要讨伐董卓。《江表传》记载，孙坚听到这个消息，捶着胸脯感叹道：“当初张公要是听了我的话，朝廷现在就不会有这场灾难了。” 孙坚也起兵响应。
荆州刺史王叡向来对孙坚无礼，孙坚路过荆州时就把他杀了。根据《王氏谱》记载，王叡字通耀，是晋朝太保王祥的伯父。《吴录》里说，王叡之前和孙坚一起征讨零陵、桂阳的贼寇，因为孙坚是武官，说话很轻视他。等到王叡起兵想讨伐董卓时，他向来和武陵太守曹寅不和，还扬言说要先杀了曹寅。曹寅害怕了，就伪造了一份案行使者光禄大夫温毅的檄文，传给孙坚，列举王叡的罪过，让孙坚逮捕王叡并执行刑罚，之后把情况上报。孙坚立刻按照檄文率领军队袭击王叡。王叡听说军队来了，登上城楼观望，派人询问他们想干什么，孙坚的前锋回答说：“士兵们长期作战很劳苦，得到的赏赐不够买衣服，到使君这里再请求些钱财罢了。” 王叡说：“刺史难道会吝啬吗？” 就打开仓库，让他们自己进去看，知道有没有遗漏的。军队进到楼下，王叡看见孙坚，惊讶地说：“士兵们自己来求赏，孙府君怎么会在里面？” 孙坚说：“我接到使者的檄文要诛杀您。” 王叡说：“我有什么罪？” 孙坚说：“罪在你什么都不知道。” 王叡走投无路，刮下金屑喝下去自杀了。
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