距离数据中心那场惊心动魄的战斗过去一周，米花市表面上重新恢复了往日的繁华与喧嚣。街道上车水马龙，行人如织，商店招牌闪烁着五彩斑斓的霓虹灯光，孩子们的欢声笑语回荡在街头巷尾，仿佛那场恐怖的数据危机从未发生。然而，在阿笠博士实验室的一隅，灰原哀的量子监测仪依然保持着高频运转，尖锐的警报声时不时响起，屏幕上不断跳动的数据流如同一群不安分的幽灵，显示着黑衣组织残留的量子信号仍在城市地下网络暗流中游走，如同蛰伏的毒蛇，随时准备发动致命一击。
这天傍晚，金色的夕阳为米花市披上一层温暖的纱衣，柯南却在毛利侦探事务所里专注地整理案件资料。突然，楼下传来一阵嘈杂的骚动声，夹杂着人们的惊呼声和尖叫声。柯南心中警铃大作，立刻放下手中的文件，三步并作两步跑下楼去。只见街道上围着一群神色慌张的路人，几名警察正费力地控制着一名神色癫狂的男子。那男子双手死死抱头，身体蜷缩在地上，不停地来回翻滚，嘴里歇斯底里地念叨着：“它们在我脑子里！别让它们钻进来！救救我！”柯南敏锐地注意到，男子手腕上的智能手表正发出诡异的蓝光，那光芒忽明忽暗，与之前数据幽灵攻击时的特征如出一辙，仿佛是黑暗势力的无声挑衅。
灰原哀接到消息后，迅速乘坐阿笠博士改造的量子摩托赶来。她身着黑色风衣，银灰色的发丝在风中飞扬，眼神中透着冷静与警惕。她二话不说，从背包中取出随身携带的量子扫描仪，蹲下身为男子检测脑电波。随着仪器的运转，屏幕上的波形图开始剧烈震荡，呈现出一种诡异的频率。“他的思维频率和数据幽灵产生了共振，这不是简单的精神错乱。”灰原哀的表情瞬间凝重起来，眉头紧紧皱起，“黑衣组织似乎在进行活体实验，将意识虫群注入人体。他们把人当成了可怕实验的牺牲品。”
这个消息如同野火般迅速传开，米花市瞬间陷入了新一轮的恐慌。医院的急诊室人满为患，陆续收治了数十名出现类似症状的患者。这些患者无一例外都佩戴着智能手环、手表或耳机等设备，且在发病前都收到过未知来源的加密信息。那些信息如同潘多拉魔盒，一旦打开，便释放出了无尽的灾难。柯南和灰原哀意识到，黑衣组织改变了策略——既然无法通过网络直接入侵意识，那就利用人们日常生活中依赖的智能设备作为载体，将恐惧与绝望悄无声息地植入每个人的大脑。
“这些设备内置的生物传感器可以实时监测脑电波。”灰原哀在实验室里来回踱步，全息投影中浮现出智能手表的内部构造，每一个零件都清晰可见，“黑衣组织开发了某种脑波劫持程序，一旦受害者接收特定频率的信号，意识虫群就会顺着神经信号侵入大脑。就像特洛伊木马，在人们毫无防备时发动攻击。”她的声音中充满了忧虑，仿佛已经看到了无数人在意识虫群的侵蚀下痛苦挣扎的画面。
柯南沉思片刻，突然想起之前在数据中心核心处看到的黑色芯片。那芯片上神秘的量子符文如同梦魇，一直萦绕在他的脑海中。“灰原，你说过芯片上刻着量子符文，有没有可能那些符文是一种意识控制代码？”柯南的话如同一束光，照亮了黑暗的角落。灰原哀的眼睛瞬间亮了起来，她立刻调出芯片残留数据，手指在全息键盘上飞速敲击，进行细致入微的分析。
果然，经过复杂的量子解码，符文显现出一串复杂的脑波控制协议。更可怕的是，这些协议与人类大脑海马体中的记忆存储区域产生了强烈的共鸣。“他们要构建记忆牢笼。”灰原哀倒吸一口冷气，脸色变得苍白如纸，“一旦意识虫群扎根，受害者会被永远困在由自己恐惧记忆编织的虚拟世界里。那将是一个永无止境的噩梦，没有人能逃脱。”她的声音微微颤抖，仿佛已经感受到了被困者的绝望与无助。
就在这气氛凝重到极点时，少年侦探团的光彦急匆匆地跑了进来。他满脸通红，气喘吁吁，额头上布满了汗水，显然是一路狂奔而来。他举着手机，屏幕上是一段从暗网截获的加密视频：画面中，黑衣组织成员身着黑色长袍，在一个阴暗的实验室里忙碌地调试着一个巨大的球形装置。那装置表面布满了发光的量子线路，如同血管般蜿蜒盘绕，中央悬浮着一颗跳动的“意识核心”，外形酷似之前的数据中心核心，散发着诡异而危险的光芒。
“根据暗网的传闻，”光彦上气不接下气地说，“这个装置叫‘记忆囚笼发生器’，能将整个城市的人困在虚拟世界里！如果让他们得逞，后果不堪设想！”柯南和灰原哀对视一眼，眼中都闪过一丝决然。他们没有丝毫犹豫，立刻决定展开调查，阻止黑衣组织的邪恶计划。
他们通过追踪视频中的背景线索，利用阿笠博士提供的先进技术，锁定了装置可能的位置——废弃的米花港口仓库。那里曾经是繁华的贸易枢纽，如今却被黑暗笼罩，成为了罪恶的温床。当两人赶到时，眼前的景象令人毛骨悚然。仓库里早已被改造成一个充满科技感的实验室，各种复杂的仪器闪烁着幽蓝的光芒，巨大的“记忆囚笼发生器”正在疯狂运转，发出令人牙酸的嗡嗡声。周围连接着数百台脑波同步仪，每台仪器上都绑着昏迷的实验者，他们的脸上带着痛苦的表情，仿佛正在经历着无尽的折磨。
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