柯南、灰原哀和神秘人沿着狭窄的楼梯小心翼翼地往下走，刺鼻的气味愈发浓烈，黑暗如墨般浓稠，只有神秘人法杖顶端散发的微弱光芒勉强照亮前方一小片区域。
“不知道下面会有什么等着我们。”灰原哀低声说道，声音在这寂静的空间里回荡，带着一丝紧张。柯南握紧拳头，眼神坚定：“不管是什么，我们都要阻止病毒研发。”
终于，他们来到了下层。眼前是一个巨大的圆形房间，房间正中央矗立着一个闪烁着幽光的巨大圆柱体，那便是主服务器。然而，围绕着主服务器，有一圈深深的沟壑，沟壑中涌动着蓝色的电流，发出“滋滋”的声响，仿佛在警告着闯入者。
“这怎么过去？”柯南眉头紧锁，仔细观察着周围环境。神秘人仔细端详着沟壑与电流，片刻后说道：“这电流似乎有一定的规律，或许我们能趁电流间隙跳过去。但这需要极强的观察力和精准的时机把握。”
柯南点点头，全神贯注地盯着电流。经过几分钟的观察，他发现每隔五秒，电流会出现短暂的微弱波动。“我先过去试试，等我安全到达对面，你们再依次过来。”柯南说完，后退几步，助跑起跳。在电流波动的瞬间，他飞跃过沟壑，稳稳地落在了主服务器一侧。
“快，灰原，按照我刚才的节奏跳。”柯南喊道。灰原哀深吸一口气，重复着柯南的动作，成功跃过。轮到神秘人时，就在他起跳的瞬间，沟壑中的电流突然增强，原本五秒的波动间隔缩短到了三秒。神秘人在空中身形一顿，险些被电流击中。千钧一发之际，他用法杖在沟壑边缘一撑，借助反作用力，惊险地落在了对面。
三人成功靠近主服务器，柯南迅速接入设备，开始输入终止代码。然而，就在代码即将输入完成时，系统弹出一个提示框：“检测到非法终止程序，启动防御机制。”紧接着，房间四周的墙壁缓缓打开，涌出一群身形矮小但动作敏捷的机械蜘蛛。
这些机械蜘蛛周身覆盖着黑色甲壳，八只眼睛闪烁着诡异的红光，它们迅速朝着柯南等人围拢过来。神秘人立刻挥动法杖，释放出一道道火焰，试图阻挡机械蜘蛛的前进。火焰在机械蜘蛛群中肆虐，将一些蜘蛛点燃，但更多的蜘蛛绕过火焰，继续逼近。
灰原哀从口袋里掏出一个小型炸弹：“柯南，我来吸引它们的注意力，你尽快完成代码输入。”说完，她将炸弹扔向远处，炸弹爆炸产生的冲击力和声响吸引了大部分机械蜘蛛。柯南争分夺秒地输入最后几位代码，就在机械蜘蛛快要靠近他时，代码输入完成，主服务器发出一阵低沉的嗡鸣声，研发程序终于被终止。
“快走，这里可能会有其他变故。”柯南喊道。三人沿着原路返回，此时，整个基地开始剧烈摇晃，警报声大作。显然，终止研发程序引发了基地的自毁系统。
在东南亚热带雨林，毛利小五郎等人乘坐的竹筏顺着河水漂流了许久。天色渐渐暗下来，四周的雨林显得愈发阴森。突然，前方出现了一个瀑布，水流从高处倾泻而下，发出震耳欲聋的轰鸣声。
“不好，我们得想办法靠岸。”毛利小五郎喊道。但河水湍急，竹筏根本不受控制，快速朝着瀑布冲去。在这危急时刻，警方人员发现岸边有一棵倾斜的大树，树枝几乎伸到了河面上。
“大家抓住树枝，我们攀上岸去。”警方人员说着，率先伸手抓住树枝。毛利小五郎和少年侦探团在他的帮助下，依次抓住树枝，艰难地爬上了岸。就在他们刚刚上岸，竹筏便随着瀑布坠落，消失在下方的深潭中。
众人在岸边稍作休息，决定沿着河岸寻找出路。夜晚的雨林危机四伏，时不时传来奇怪的声响。突然，草丛中窜出几只体型庞大的野兽，它们双眼闪烁着绿光，露出锋利的獠牙，朝着众人低吼。
“是雨林中的猛兽，大家不要惊慌，慢慢后退。”毛利小五郎说道。他捡起一根树枝，做出防御姿势。警方人员也纷纷掏出武器，与猛兽对峙。就在双方僵持不下时，元太突然想起身上带着一些食物，他悄悄拿出一块肉干，扔向远处。猛兽被肉干吸引，转身朝肉干的方向跑去，众人这才松了一口气。
在非洲沙漠地下据点，国际刑警组织队员与黑衣武装人员的战斗进入白热化阶段。前往电力控制中心的队员在队友的掩护下，成功抵达并破坏了电力系统。一时间，据点内灯光熄灭，陷入一片黑暗。
“趁现在，发起总攻！”行动负责人喊道。队员们凭借着夜视设备，在黑暗中对黑衣武装人员展开突袭。黑暗中，枪声、喊杀声交织在一起。经过一番激烈的战斗，国际刑警组织逐渐占据上风，黑衣武装人员开始节节败退。
然而，就在胜利在望时，据点内突然响起一阵沉闷的爆炸声。原来，黑衣组织在据点内设置了自爆装置，一旦局势不利，便启动自爆，妄图与国际刑警组织同归于尽。
“不好，我们必须尽快撤离。”行动负责人通过对讲机喊道。队员们迅速朝着据点出口撤退，此时，整个据点开始剧烈摇晃，随时可能坍塌。
柯南等人从基地逃出时，基地已经火光冲天。他们刚跑到安全距离，基地便发生了剧烈爆炸，强大的冲击力将他们震倒在地。与此同时，毛利小五郎等人在雨林中听到了远处传来的爆炸声，而非洲沙漠地下据点也在爆炸声中摇摇欲坠。柯南和他的伙伴们虽然成功终止了一处病毒研发，但黑衣组织的阴谋是否就此终结？他们又将如何应对接下来的未知危机？这一场正义与邪恶的较量，似乎才刚刚进入最关键的阶段......
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