世界树的第一颗光玉琥珀坠落时，陈默看到了里面的记忆画面——七岁的雨晴正在咳血作画。
但诡异的是，画中转身的"陈默"穿着他从未拥有过的黑色风衣，左手无名指上戴着死亡笔记的徽章戒指。更可怕的是，当琥珀接触地面时，陈默的GM印记突然灼烧般疼痛，投射出一段陌生记忆：
二十五岁的自己站在雨晴病床前，将一枚光玉芯片按进她咳血的手心。
【"这是......未来的画面？"】
琥珀突然融化，液体渗入地面后，世界树的根系开始不自然地蠕动。距离最近的千叶铃突然惊叫——她的光玉发卡正在变成《罪恶王冠》的紫色。
夏萤的机械核心在世界树顶端剧烈震颤。
作为三位一体系统的一部分，她正在整理悬挂枝头的记忆琥珀，却发现编号001的琥珀内部是空白的——本该存储银发少年记忆的容器里，只有一张《Angel Beats!》的CD封面，上面音无结弦的形象正在逐渐变成陈默的模样。
【"时间锚点错误......"】她的机械音带着电流杂音，【"未来的记忆正在覆盖过去。"】
突然，所有琥珀同时映照出同一个画面：成年陈默站在记忆银行废墟上，手中握着染血的GM终端。终端屏幕上显示着正在执行的命令：【永久删除所有痛苦记忆】
雨晴的手腕突然裂开一道伤口。
不是鲜血，而是《未闻花名》的蓝光蝶从伤口中涌出。这些蝴蝶飞向世界树的根系，每只蝴蝶都携带着记忆碎片——全是陈默不记得自己经历过的事情：
二十岁的他在琉克面前撕毁契约；
二十二岁他将雨晴转化为记忆体；
就在系统崩溃前一天，他独自在密室写下音无结弦的遗书......
【"哥哥......"】雨晴的声音突然变得空灵，【"你一直在逃避自己的选择。"】
她的身体开始数据化，蓝光蝶在头顶汇聚成《凉宫春日》的闭锁空间符文。
千叶铃的发卡完全变成紫色时，她听到了姐姐的声音。
不是从回忆中，而是直接在她脑海里响起：【"铃，看世界树的主干年轮！"】
当她触碰世界树时，树皮突然透明化，露出内部层层嵌套的时间环——最内层是银发少年植入记忆的瞬间；中间是雨晴成为记忆体的过程；而最外层......
是陈默正在东京湾岸边，将GM终端沉入海底的画面。
【"这不是记忆......"】千叶铃浑身发抖，【"是尚未发生的未来！"】
她的发卡突然射出紫色光束，在世界树表面刻下新的时间戳：系统崩溃倒计时72小时。
陈默的GM印记突然失控。
原本恢复的能力正在暴走，左手不断投射出陌生场景：他与琉克在东京巨蛋顶端的决战；结衣将数据注入世界树的瞬间；以及——最令他恐惧的画面——自己亲手将雨晴的记忆体格式化。
【"这些不是我的记忆......"】他死死按住左手，【"是未来的可能性！"】
雨晴的蓝光蝶突然包围了他，每只蝴蝶都展示着不同时间线的结局：有的世界树枯萎；有的记忆银行永恒运转；在最黑暗的一条线里，陈默独自站在废墟上，手中握着雨晴完全空白的画册。
【"选择的时候到了，哥哥。"】数据化的雨晴轻声说，【"你究竟要拯救谁？"】
世界树的根系突然刺穿时空。
在无数平行世界的交汇处，陈默看到了"真相"——银发少年就是他自己，是从最糟糕的时间线逃逸而来的未来陈默。那个自己牺牲了全部记忆，穿越回过去试图改变历史。
【"所以雨晴的咳嗽会出现在得病前......"】
【"所以音无的遗书上有我的笔迹......"】
【"所以琉克总说'这次换个更好的系统'......"】
所有线索串联成恐怖的闭环：记忆银行本身就是个时间悖论，每一次崩溃都会重启轮回。而这一轮，终于走到了最终抉择点。
当午夜的钟声敲响第十二下时，三位一体系统终于完成同步。
结衣的发梢、夏萤的机械眼、雨晴的蓝光蝶在世界树顶端融合，形成全新的光玉核心。核心表面浮现出唯一指令：【请定义新的记忆规则】
陈默的左手不受控制地抬起，GM印记在空中写下：
【不删除痛苦】
【不逃避选择】
【不重启轮回】
世界树的所有琥珀同时破碎，里面的记忆如暴雨般倾泻而下。而在记忆洪流中，陈默终于看清了银发少年最后留下的信息：
【"这次一定要救下雨晴——不是作为记忆体，而是作为活着的妹妹。"】
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