陈瑛的滥杀，甚至波及到了朱棣的亲信。永乐三年（1405年），都察院御史解缙因才华出众，深得朱棣信任，奉命主编《永乐大典》。可解缙曾在建文朝任翰林院庶吉士，虽早早归附朱棣，却也被陈瑛盯上了。陈瑛查到，解缙在主编《永乐大典》时，收录了不少建文朝的诗文，便上书弹劾解缙“私藏建文文献，意图复辟”。朱棣起初不信，觉得解缙是“有功之臣”，可陈瑛却不断上奏，还拿出解缙收录的诗文，逐字逐句“解读”，说某句是“怀念建文”，某句是“讽刺陛下”。久而久之，朱棣也对解缙起了疑心，虽没治他的罪，却将他调离了《永乐大典》的编修团队，派往广西任布政使司参议。
陈瑛还鼓励“告密”。他下令，只要有人举报“靖难余党”，无论真假，都能得到赏赐；若举报属实，还能当官。这道命令一出，南京城顿时掀起了“告密之风”。有人为了升官发财，诬告邻居于“建文旧臣”有来往；有人为了报私仇，陷害仇人“私藏建文诏书”。陈瑛对这些举报来者不拒，每举报一人，就派人去查，不认罪就用刑，直到犯人“认罪”为止。据《明史》记载，永乐前三年，因“靖难余党”案被处死的官员、百姓达数万人，流放者更是不计其数，南京的监狱里人满为患，刑场上每天都有犯人被处死。
有一次，朱棣在宫中设宴，看到窗外飘着雪花，随口说了句“今年雪下得早，不知百姓是否寒冷”。陈瑛当即接话：“陛下仁德，心系百姓。可如今仍有建文余党潜藏民间，若不彻底清除，百姓难以安居乐业。臣请陛下准许，再派御史到各地巡查，务必将余党全部抓获。”朱棣听了，沉默了，最后说：“此事容后再议。”——此时的朱棣，片刻或许已经察觉到陈瑛的滥杀。
永乐六年（1408年），陈瑛不仅掌管都察院，还兼任锦衣卫都指挥佥事，监察百官的同时，还掌控着特务机构，朝中官员无不畏惧他，连六部尚书见了他，都要礼让三分。陈瑛更加肆无忌惮，开始对朱棣的亲信大臣下手，最终触怒了朱棣。
这年夏天，陈瑛弹劾隆平侯张信“贪赃枉法，强占民田”。张信是朱棣的功臣，当年朱棣起兵时，张信曾向他通风报信，帮他躲过了建文帝的抓捕，朱棣登基后，封他为隆平侯，十分信任。陈瑛弹劾张信，理由是“张信在北平任上，强占民田三百亩，还纵容家奴殴打百姓”。朱棣知道后，觉得陈瑛“小题大做”，毕竟张信是自己的功臣，这点“小错”不足以定罪，便驳回了陈瑛的弹劾，还特意召见张信，安慰他说：“陈瑛此人过于严苛，你不必放在心上。”
可陈瑛却不罢休，又连续三次上书弹劾张信，还拿出了“证据”——几张百姓的“控诉状”，说张信的家奴如何殴打他们，如何强占他们的田地。朱棣见状，虽有些不满，却也只好下令让张信“退田还民，罚俸一年”，算是给了陈瑛一个面子。可陈瑛并不满足，又盯上了另一个功臣——兵部尚书金忠。
金忠曾是朱棣的谋士，在“靖难之役”中多次为朱棣出谋划策，朱棣登基后，任命他为兵部尚书，主管军事。陈瑛弹劾金忠，说他“徇私舞弊，提拔建文旧臣”——金忠确实提拔过一个名叫刘璟的官员，刘璟是建文朝的御史，可刘璟才华出众，且早已归附朱棣，金忠提拔他，也是为了朝廷。可陈瑛却认定刘璟是“建文余党”，金忠提拔他是“意图不轨”。
这次，朱棣没有再容忍。他当着文武百官的面，斥责陈瑛：“金忠是朕的功臣，刘璟也是归附朕的贤臣，你为何总要鸡蛋里挑骨头？你任都御史以来，杀了多少人？难道非要把朝中官员都杀完，你才甘心吗？”
陈瑛没想到朱棣会当众斥责自己，一时慌了神，连忙磕头谢罪，说自己“只是为了朝廷，并无他意”。可朱棣已经对他失去了耐心，下令将他革去锦衣卫都指挥佥事的职位，只保留都御史的头衔，还警告他“若再滥杀无辜，朕必严惩不贷”。
可陈瑛还是没吸取教训。永乐七年（1409年），他又弹劾户部尚书夏原吉“治水不力，浪费国库”。夏原吉是永乐朝的重臣，负责治理黄河、运河，功绩卓着，朱棣十分倚重他。陈瑛的弹劾，彻底激怒了朱棣——他觉得陈瑛已经不是在“清算建文余党”，而是在滥用职权，打压异己，甚至想操控朝政。
朱棣当即下令将陈瑛逮捕入狱，命三法司（刑部、大理寺、都察院）联合审讯。三法司的官员早就看不惯陈瑛，很快就查出他“滥杀无辜、收受贿赂、伪造证据”等多条罪状。其中最严重的一条，是他曾接受一个富商的贿赂，诬告一名正直的官员是“建文余党”，导致该官员全家被杀。
永乐八年（1410年）正月，朱棣下旨，将陈瑛押赴刑场，斩首示众。
陈瑛死后，朱棣下令废除“建文余党专审司”，还下了一道诏书，说“前都御史陈瑛，滥用职权，滥杀无辜，朕之过也。自今往后，凡治狱，必以证据为准，不得屈打成招，不得株连无辜”。
百年后，《明史》的编撰者在写到陈瑛时，留下了一句话：“瑛性残刻，善承上意，帝（朱棣）倚之如刀。及帝悟，瑛亦诛矣。”
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