一夜之后，明军就从六万人变成了七万六千人。虽然这些刚归降的蒙古人可靠度依旧存疑，但一万多人完全可以成为大军的眼睛，带着明军找到和硕特部在哈密的大本营。
也可以帮助随军民夫搬运物资，而缴获的数万匹战马，也可以供民夫驱使。有了战马可乘的民夫也加快了整支大军的行军速度。
七日之后，也就是四月初九，明军正式抵达哈密。
不过此时的哈密人去楼空，按照俘虏所描述的，这里原本该有二十万和硕特人，如今一个人毛都瞧不见了。
满桂料定，溃败而回的图鲁拜琥已经放弃了这座大本营，往更远的地方逃遁了。
此时的他有两个选择，一个是停下脚步，重建哈密卫；一个便是继续追击，拿下俘虏口中的吐鲁番。掐守住天上山脉的出口，遏制和硕特部重返哈密的通道。
只要守住吐鲁番，和硕特人要想重返哈密，只有翻过天山从喀尔喀人的地盘绕道而来，不过这条路并不好走，需要他们翻越一处处沙漠，即便是抵达了哈密，其还保留多少战力，就未必可知了。
最终，满桂选择了继续追击，打蛇不死反遭其害的道理他非常清楚。
于是留下一个师驻守哈密之后，他继续选择了多尔衮兄弟做先锋，自己领着数万大军随后而来的策略，向吐鲁番追击而去。
三日之后，阳光明媚，微风拂面，多尔衮率领着他的 118 师如疾风般驰骋在辽阔的草原上。他们的目标是和硕特部的后翼，这部在赤木附近被多尔衮的军队紧紧咬住。
多尔衮一声令下，118师官兵如饿虎扑食般冲向敌人。和硕特部的士兵们惊恐万分，他们完全没有想到明军会如此迅速地追上来。在短暂的抵抗之后，和硕特部的后翼部落被击溃，大部分人选择了投降明军，以保全自己的性命。
而多尔衮并没有停下脚步，他深知时间紧迫，要想扩大战果，必须乘胜追击。他没有等待满桂大军赶上，果断地领兵继续前进，展开了更为猛烈的追击之势。
四月十五日，天空阴沉，乌云密布，118 师在黑风川再度追上了和硕特部一部。这一次，和硕特部的士兵们已经有了一些防备，但他们的士气已经大不如前。多尔衮的军队轻易地突破了他们的防线，经过一番短暂而轻松的交战之后，这部和硕特人再度选择了投降。
然而，多尔衮并没有满足于此，他的目标是和硕特部的大汗本部，所以他一直没有停下追击的脚步。
四月二十日，经过数日的连续追击，118 师终于在火焰山附近，追上了和硕特大汗本部。
深知自己已然无法逃脱的图鲁拜琥，率万余骑兵在火焰山脚下，望着逐渐逼近的明军，他的心中充满了绝望和无奈。但他并没有选择逃跑，而是选择了维护和硕特大汗的尊严，率军于明国人决一死战。
而明军骑兵在发现敌人踪迹之后，并没有立刻冲上前去，而是第一时间放慢了马速。这样做有两个好处，一是可以让疲惫的战马得到片刻的喘息，为接下来激烈的交战储蓄更多的体力；二是给骑兵们留出足够的时间来整理自己的兵器装备，确保武器都放置在顺手的位置，以便在战斗中能够迅速而准确地使用。
大约过了一刻钟，双方似乎都已经准备好了，不约而同地选择了驱动战马，加速朝着对面的敌人猛冲过去。从高空俯瞰，就像两股汹涌的洪流相对而行，最终在某个点上猛烈地撞击在一起。
刹那间，战场上一片混乱，人仰马翻，士兵们的惨叫声此起彼伏。多尔衮和图鲁拜琥这两位指挥官都做出了一个惊人的决定——放弃各自传统的突骑兵战法，转而采用最野蛮、最残酷的近身肉搏战。
他们都深知这种原始的交战方式虽然血腥暴力，但却能在最短的时间内决出胜负。而且，只有通过这种毫不留情的厮杀，才能彻底击垮对方的作战意志，为自己的部族和国家在这片广袤的草原上赢得声誉和荣耀。
当满桂领着数万骑兵赶到战场时，战斗已然结束。
最终凭借着武器装备上的碾压优势，以及强悍的战斗力。118师付出了两千余人的伤亡，彻底全歼了这股敢于正面交战的和硕特最后的骑兵部队。
和硕特部大汗图鲁拜琥受伤被俘虏，也预示着独立的和硕特部成为了历史。
随后一个月时间里，明军跨越了火焰山，攻占了吐鲁番、火州、柳城等牧区。和硕特部全部，吐鲁番汗国遗民部落十余个，总共加起来三十余万牧民全部成为了明军的俘虏。
六月中旬，满桂在吐鲁番设立征西大将军大营，随后的半年时间里，数万明军开始了在吐鲁番盆地四处出击。最远的一支沿着孔雀河来到了罗布泊、普昌海。
而多尔衮率领的118师，穿越天山峡谷，夺下了唐朝时期设立的北庭都护府轮台古城。
完成第二阶段的任务之后，同样也考虑到后勤补给的关系，明军停下了征伐天山山脉的步伐。
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