暗能核心被带回本源星海后，宇宙同源学府成立了“上古能量研究中心”，凌云、星玥、紫宸成为核心研究员，林越、星瑶、光辰等人为顾问，共同破解暗能体系的秘密。黑色晶体被安置在研究中心的“本源共鸣室”，周围布下五大本源灵韵阵，既能防止暗能量意外外泄，又能通过同源共鸣，唤醒晶体中隐藏的上古信息。
三个月后的一天，当凌云将五大本源晶的共鸣能量注入黑色晶体时，晶体突然爆发出强烈的暗紫色光芒，表面的古老符文与阵中的本源灵韵交织，投射出一段完整的上古影像：宇宙初开，除了混沌星虚分化的五大本源灵韵，还诞生了“暗能灵韵”，两者同源而异途，五大本源灵韵主“构建与平衡”，暗能灵韵主“解构与革新”，共同维系着宇宙的能量循环；后来，两大体系因理念冲突爆发战争，暗能灵韵战败，被封印在死寂星域，暗能核心成为维系其残存能量的枢纽，而“解构”特性正是暗能灵韵的本质，并非邪恶之力，只是被战争扭曲了用途。
“原来暗能灵韵是宇宙原生的能量体系！”星玥眼中闪过震撼，“它的‘解构’并非破坏，而是打破旧的能量平衡，为新的平衡创造条件，就像宇宙中的星辰更替、灵脉演化，都需要暗能的解构之力参与。”
光辰凝视着晶体，若有所思：“之前暗能量侵蚀封印，是因为它被长期封印，能量失衡，导致解构特性失控。如果能让暗能灵韵与五大本源灵韵重新共生，不仅能彻底解决暗能的威胁，还能完善宇宙的能量循环，让本源灵韵海的能量更加充沛。”
林越点点头，做出决定：“影像中提到，暗能灵韵的完整传承藏在‘暗能秘境’中，那里有暗能灵韵的本源珠与平衡之法。凌云、星玥、紫宸，你们再次组建探查队，前往暗能秘境，寻找暗能本源珠，尝试让两大体系共生；我与星瑶坐镇研究中心，通过本源灵韵网提供能量支援与实时指导。”
此次探查，凌云三人挑选了二十名精通多灵韵适配的学府弟子，驾驶五艘本源级五源战舟，携带“双系共鸣仪”——这是研究中心最新研发的器具，能同时承载五大本源灵韵与暗能灵韵，辅助两者建立共生连接。
根据黑色晶体投射的星图，暗能秘境位于死寂星域的核心深处，被一层“暗能灵障”守护。战舟编队再次驶入死寂星域，此时的暗能雾已消散大半，露出清晰的星空轨迹。紫宸操控空间探测网，精准锁定暗能灵障的位置：“前方百万光年处，有一道暗紫色的能量屏障，正是暗能灵障，屏障上的符文与暗能核心同源，应该是秘境的入口。”
星玥催动星穹灵韵，解析灵障的能量规律：“灵障的能量由暗能灵韵与空间灵韵交织而成，需要用暗能核心作为钥匙，再注入五大本源灵韵的共鸣之力，才能开启。”
凌云将暗能核心嵌入战舟的核心凹槽，五大本源灵韵通过双系共鸣仪注入核心：“启动共鸣，开启灵障！”
暗能核心爆发出暗紫色光芒，与灵障的符文产生强烈共鸣，一道狭窄的入口在灵障中央缓缓展开。战舟编队驶入入口，眼前的景象豁然开朗：一片广阔的暗紫色秘境，地面覆盖着“暗能灵苔”，泛着柔和的暗紫色光芒；空中漂浮着无数“暗能灵晶”，散发着精纯的暗能灵韵；秘境中央的“暗能圣山”上，矗立着一座古老的神殿，正是暗能灵韵的传承之地。
“暗能本源珠就在神殿顶端！”紫宸的空间探测网穿透神殿，“神殿周围没有守卫，但布有‘双系平衡阵’，需要同时用五大本源灵韵与暗能灵韵破解，否则会引发能量爆炸。”
凌云三人带领弟子们登上暗能圣山，来到神殿门口。神殿大门上刻着“构建为基，解构为翼，双系共生，宇宙永续”十六个上古符文，与影像中暗能灵韵的理念不谋而合。凌云将暗能核心贴在符文中央，星玥注入星穹灵韵稳定空间，紫宸用空间能量引导，五大本源灵韵与暗能灵韵通过双系共鸣仪交织，符文缓缓亮起，神殿大门应声而开。
神殿内部，暗能灵韵的气息更加精纯。顶端的高台上，一颗暗紫色的“暗能本源珠”悬浮着，周围环绕着双系平衡阵的符文，散发着稳定的能量。就在凌云准备靠近时，高台周围突然亮起暗紫色光带，一道虚影从光带中走出——正是暗能灵韵的上古守护者“暗玄”。
“外来者，你们为何会拥有暗能核心？”暗玄的声音带着古老的沧桑，虚影中泛着暗紫色的灵韵波动，“百万年来，无数试图夺取暗能本源的生灵都死于平衡阵中，你们若想破坏暗能灵韵的传承，休怪我不客气！”
凌云上前一步，举起双系共鸣仪：“我们并非来夺取本源，而是为了让暗能灵韵与五大本源灵韵重新共生。百万年前的战争，让两大体系都陷入失衡，如今宇宙需要双系共生，才能恢复完整的能量循环。”
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