战斗从滩头向内陆急速蔓延。明军步炮协同，攻势如潮。孙元化亲自督阵，登州新军装备的改良佛郎机炮射速极快，组成一道道移动的弹幕，为步兵开路。东江兵则发挥其擅长近战、地形熟悉的优势，迂回穿插，分割包围小股敌军。黄龙亲率精锐直插敌后，截断援军通路；毛承禄则指挥火器营步步为营，以精准炮火拔除据点。仅仅两日，明军便连破后金三座外围营寨，兵锋直指金州城下。
金州城头，后金的旌旗在硝烟中耷拉着。此时城中主将，乃梅勒额真篇古，他得知明军大举登陆、连破营寨的消息，又惊又怒。金州乃辽南重镇，若失守，明军便可长驱直入，威胁辽阳、沈阳腹地。他一边下令紧闭四门，驱赶城中所有丁壮上城协防，一边派出数路快马，星夜向辽阳和远在大凌河的皇太极告急。
五月十八，明军对金州城发起了总攻。
“轰！轰！轰！”
登州新军的数十门火炮被推至前沿，对着金州北门一带猛烈轰击。夯土的城墙在巨响中颤抖，碎砖乱石横飞。黄龙亲临前线，手持长刀立于阵前，声如洪钟：“东江儿的郎们！让这些鞑子见识见识，什么叫做真正的悍勇！”
冒着城头倾泻而下的箭矢、擂石和沸油，明军敢死之士扛着云梯，如潮水般涌向城根。炮火尽力压制着城头的守军，但仍不断有士卒在冲锋途中倒下，惨叫声此起彼伏。
毛承禄亲率一队精锐直扑城墙缺口，他身先士卒，手持双刀如旋风般杀上城头。刀光闪处，血雨纷飞，后金守军竟不能挡。黄龙在城下看得分明，立即挥师猛攻城门，两相呼应。守军阵脚大乱，北门终被突破。
篇古见大势已去，仓皇率领残部从南门突围。明军旗帜，终于插上了金州城头。
然而，胜利的喜悦并未持续多久。皇太极在接到金州急报后，虽震惊于明军竟敢在此刻于背后捅刀，但其反应极其迅速果断。大凌河固然重要，但根本之地绝不容有失。他立刻任命沉稳善战的贝勒济尔哈朗为主将，统率镶蓝旗一部、蒙古左右翼骑兵约五千人，并加强汉军旗佟养性所部的火器营，日夜兼程，驰援金州。
五月二十五日，济尔哈朗的大军前锋已抵达金州外围。他没有急于攻城，而是冷静地观察形势，分遣蒙古骑兵骚扰明军粮道，并开始构筑围城工事，显示出与急躁的篇古截然不同的老练。
孙元化深知，真正的考验现在才开始。他依据皇帝“效洪都旧事”的严旨，决心将金州变成一颗牢牢钉入后金肋骨的钉子，最大限度地吸引和消耗敌军兵力。他下令加固城防，将水师火炮部分拆卸上岸，加强城防火力点，构成交叉火力网。
五月二十八，济尔哈朗完成初步部署，开始试探性进攻。后金的“大将军炮”与明军的佛郎机、红夷炮展开了激烈的炮战。硝烟弥漫金州上空，炮声终日不息，城墙多处出现破损。孙元化亲临最危险的城垣，指挥士卒用沙袋、门板堵塞缺口。
“抚台！西城角楼被轰塌，建奴甲兵上城了！”
“报！城中临时火药库附近中弹起火，弟兄们正在扑救！”
坏消息接踵而至。孙元化面容憔悴，眼中布满血丝，但声音依旧镇定：“告诉黄龙，把他东江的老营顶上去！把上城的建奴给我砍下去！毛承禄，带你的人去灭火，火药若有失，提头来见！”
最惨烈的战斗发生在南城一段被重炮轰开的缺口处。后金重甲步兵如同黑色的潮水，一波波涌向这个死亡通道。黄龙亲自率领东江兵死守于此，这些与后金有着血海深仇的汉子们，爆发出惊人的战斗力。他们用长枪、大刀、狼牙棒甚至是牙齿，与身披重甲的后金兵绞杀在一起，尸体很快堆积如山，鲜血顺着残破的城墙缺口汩汩流淌，在城外洼地汇聚成一片片暗红色的泥沼。
毛承禄在指挥灭火后立即率部增援，他双刀翻飞如雪，在敌群中杀出一条血路。混战中，一支破甲箭呼啸而至，正中他的肩胛。毛承禄闷哼一声，反手折断箭杆，继续奋战。黄龙见状，怒喝如雷，长刀横扫，将一名后金骁将斩于马下，血溅三尺。
战至五月末，金州攻防战已持续半月，进入最残酷的消耗阶段。明军凭借水师不间断的物资补给和火炮技术优势，以及东江兵决死的守城意志，牢牢守着金州核心区域。但伤亡同样惨重，登州新军折损超过三成，东江兵更是伤亡近半，城中能战之兵已不足万人。
皇太极见济尔哈朗一时无法攻克金州，而明军在水师支援下韧性十足，金州这颗钉子越扎越深，严重威胁后方，且大凌河战事也因分兵而受到影响。他不得不再次从辽阳等地，抽调贝勒阿巴泰率领的正蓝旗一部以及更多汉军部队，火速增援济尔哈朗，严令其不惜代价，尽快拔除金州明军。
金州，这座燃烧的城池，已然成为了整个辽南战场乃至影响大凌河命运的巨大漩涡，无情地吞噬着双方将士的生命。孙元化站在满是焦痕和血污的城楼上，望着城外仿佛无穷无尽的后金营垒和不断喷吐火舌的敌军炮阵，他知道，最黑暗的时刻还未过去，但他必须在这里，为远在大凌河的袍泽，争取那渺茫而又至关重要的一线生机。他的任务，就是让这里的炮火和喊杀声，更响亮、更持久一些，直到来自西面的捷报，或者……最终的结局降临。
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