尽管如此，道教在新创这些神灵时，仍然脱离不了传统文化的影响，仍然要汲取中国已有的文化养料。三清尊神之一的元始天尊的塑造就是具体的例证。元始天尊最早的雏形是元始天王，首见于南北朝所出的《元始上真众仙记》。该书云： “昔二仪未分，……天地日月未具，状如鸡子，混沌玄黄，已有盘古真人，天地之精，自号元始天王游乎其中。……经四劫，天形如巨盖，……复经四劫，二仪始分，相去三万六千里。……元始天王在天中心之上，名曰玉京山。”复经二劫，忽生太元玉女。元始天王与之通气结精，而生扶桑大帝东王公与西王母，再生天皇，天皇生地皇，地皇生人皇，伏羲、神农等五帝是其后裔云云。很显然元始天王是天地万物人类的始祖神，脱胎于盘古神话。
盘古神话最早见于三国吴人徐整之《三五历纪》，此书已佚，《太平御览》卷二引有其中一则文字：“天地浑沌如鸡子，盘古生其中。万八千岁，天地开辟，阳清为天，阴浊为地。盘古在其中，一日九变，神于天，圣于地。天日高一丈，地日厚一丈，盘古日长一丈。如此万八千岁，天数极高，地数极深，盘古极长。后乃有三皇。”
两相对比，模仿之迹，显然可见。其他对三官大帝、酆都大帝、玉皇大帝的塑造，无不借助于古已有之的神话传说。
神仙谱系阵容的庞大，也是华夏历史进程的另一种诠释。和华夏历史一样，神仙谱系的造构与编辑也经历了一个由少到多和由纷杂无序到较有系统的演变过程。
汉魏两晋是道教神仙谱系的初创时期。
其早期经典《太平经》既确定神仙、真人为崇拜对象，又将儒家的圣人、贤人纳入神仙谱系，将它们分为六等：“一为神人，二为真人，三为仙人，四为道人，五为圣人，六为贤人。”谓“此皆助天治也。神人主天，真人主地，仙人主风雨，道人主教化吉凶，圣人主治百姓，贤人辅助圣人，理万民录也，给助六合之不足也。”此时的神仙谱系比较粗疏，呈现初创时期的原始状态。这时期活动的主要道派五斗米道，除称老子为太上老君，又造构了天、地、水三官，此外，则不见造构他神。这与当时五斗米道不重视偶像崇拜有关。如张鲁（或云张陵）所作《老子想尔注》十分强调《老子》道“无名”、“无象”的观点，反对给“道”取姓名，设状貌，因此，这时期所创神灵是很少的。
南北朝是道教大量造构神仙和进行初步整理的时期。
陆修静在改造南天师道（原五斗米道）时，仍然坚持三张传统，认为“大道虚寂，绝乎状貌。”道士祀神的主要场所“靖室”应该注重“清虚”，“洒扫精肃，常若神居，唯置香炉香灯、章案书刀而已。”
但寇谦之在改造北天师道时，却与此观点完全相反。一方面借太上老君之名，自立“天师之位”，表示仍尊太上老君为该教教主，另方面，又另造新神，为其神权张目。除制造太上老君之孙李谱文授予《录图真经》神话外，“又言二仪之间有三十六天，中有三十六宫，宫有一主。
南朝梁道士陶弘作《真灵位业图》，意欲将此杂乱无章的诸多神灵，清理出一个较有次序的谱系来。他根据世俗“朝班之品序”和“高卑”原则，将五百多名天神、地只、仙真、人鬼，用七个阶次组织排列起来。第一中位（即第一神阶，下同）以玉清元始天尊为主神，第二中位以玉晨玄皇大道君为主神，第三中位以太极金阙帝君为主神，第四中位以太清太上老君为主神，……最后第七中位以酆都北阴大帝为主神。每一中位之下，分列左位、右位、女真位、散位、地仙散位，分别容纳若干天神、地只、仙真、人鬼，编制出道教史上第一个神谱。
虽然此神谱并未完全系统化，但它将十分庞杂的神仙群纳入七个系列，无疑比原来的漫无统序前进了一大步，并为后来的神谱编制奠定了基础。
南北朝神谱整理中还有一个各派所奉最高神不一致，需要加以协调的问题。五斗米道（天师道）、楼观道一直奉太上老君为最高神，而上清派、灵宝派则奉元始天尊、太上大道君（或称灵宝天尊）为最高神。这种情况也是不利于道教传播的。一些道士乃仿照佛教的“三身”说，将各派所奉的最高神糅合在一起，组成能共同接受的最高神，此即后来的三位一体的最高神“三清”。陶弘景的《真灵位业图》即表现了这种倾向。其第一中位元始天尊之下，所列全为“天帝”、“道君”、“元君”，并无地只、人鬼；而第二中位玉晨大道君之下，则纳入了魏华存、许穆、许翙等上清派创始人；第三中位金阙帝君之下，纳入了徐来勒、葛玄等灵宝派所尊的创始人；第四中位太上老君之下，纳入了以张陵为代表的天师道创始人。四个中位综合成一个最高神，即可解决各派原有的矛盾。事实上，这四位主神的名目和突出地位，已经具备了其后“三清”的特征，它实为“三清”的雏形。因此，《真灵位业图》在道教神谱形成过程中，具有重要的历史意义。
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