祖巫殿剩余大巫以血祭的方式将此事告知囚禁在无涯山的祖巫共工。共工大怒，遂发洪水于天下，以警世人。
共工本意不过惩戒一番，聊以示威耳。
奈何其本身神通广大，散落人间各个幽暗角落的妖族又不断兴风作浪，普通巫师也趁机推波助澜，发泄心头怨气。竟使得这场洪水声势越发浩大，越演越烈，渐渐不可收拾。
道门三教本来见祖巫发怒，心下也确实有愧。起先便也听之任之，任由洪水泛滥。但见大水经久不息，百姓流离失所，苦不堪言，终于也忍不住了。
三教圣人同时发旨，命弟子下山相助人皇治理洪水，又遣相继警告共工，令其安分守己，莫要再造罪孽。
共工不过一时愤怒，听了圣人言语，自然收手。
然而洪水滔天之势已成，源头虽断，洪水一时却仍然无法消退。
一时间，三教各显神通，巫妖并逞手段，三界再次热闹起来。
人间洪水肆虐，三教圣人命门下齐出，救助人族于危难之中。
人教玄都大法师化身赤松子四处传道，普施符水，教民简朴安乐之道。
阐教金仙在燃灯、云中子、南极仙翁的带领下径去求见人皇舜帝，声言要助人族斩妖除魔，治理水患。
舜帝大喜，当下命手下能臣鲧为治水大臣，与阐教一众金仙同去治理洪水。
截教门人大多远在海外，加之慕白元神之躯有意怠慢，竟是慢了阐教一步。
截教仙人心高气傲，不愿为别人打下手，索性四散入民间做些救死扶伤的零散善事，彼时天下受洪泽之苦，可说善事遍野皆是，积累下来，倒也颇为可观。
眼见洪水肆虐，依过往经验，首先便想到深垒高墙将水堵住。
阐教仙人一想，五行之中，土能克水，正该用堵的方法，遂欣然同意。
云中子自告奋勇地去北俱芦洲，向女娲娘娘借来九天息壤。
却听女娲娘娘说道：“今天下洪水滔滔，其中亦有不明事理的妖族后辈兴风作浪，其至恶者，杀之可也。有悔过者，你等也宜存好生之德，好生教导，网开一面。切不可一味打杀，致增罪孽。”
云中子连忙答应，取了九天息壤回转人族，将女娲娘娘之意告知众人。
众人面面相觑，只得答应，心中却暗暗埋怨女娲娘娘偏袒妖族，遂对女娲之言不甚在意。
一意只要斩妖除魔，在人族中树立阐教的正义形象。
当下燃灯道人率领一部分弟子外出寻找作恶的巫妖，将之打杀。
云中子率领一部分弟子拿着九天息壤随鲧一起将水道堵塞，南极仙翁居中调度协调。阐教金仙全力动作起来，一心要拿下这份救助人族的大功德。
堵的方法在开始时颇为有用，九天息壤用之不竭，可大可小，将鲧查找出的水患肆虐通道堵的严严实实。
鲧等见此法有用，心中欣喜。云中子等金仙更是卖力，仿佛看到了治水胜利的前景。
谁料好景不长，堤坝越筑越高，水也越蓄越深，九天息壤虽强，却也不可能将整个三大部洲完全护住。反而将危险蓄积起来，洪水终于在所有人都意想不到的时候冲破堤坝，再次席卷天下。并且越演越历，竟比上次危害更大，百姓苦不堪言。
舜帝下旨严厉地申斥了鲧，却也知其确实尽了心的，因而此次只是严令鲧尽快想办法平息水患，并未过多责罚。
阐教一众金仙听了舜帝斥责鲧的诏书，就像有人当面煽了自己几个大耳光一样，心里颇不是滋味。
云中子等人一商量，觉得以土克水乃是五行正道，绝不会有错，那么问题当是出在那些兴风作浪的巫妖身上。
觉得颜面大失的阐教仙人当下大怒，四处寻找混迹在山林湖泽之中的妖族和巫师们的麻烦。
一见之下，立马打杀，毫不留情，却是将女娲圣人的话忘在了脑后。
却说慕白元神之躯眼见天下洪水滔滔，心知此次大劫费时持久，并非一朝一夕能解，索性故意拖住截教门人的步伐，好令阐教金仙先去治水。又思及许多新生的妖族趁着大水之机兴风作浪，当好生管束，免遭不测之祸。
遂，前往北俱芦洲求见妖帝太昊，请其发旨收笼天下妖族。
太昊见慕白元神之躯到来，道：“慕少监终于肯回来了！到令寡人和众位卿家思念的很。”
慕白元神之躯苦笑道：“陛下说笑了。慕白身在截教门下，苦修道法，甚少在外走动。没有常来此间与各位老朋友见面，实在罪过。只是现在外界洪水滔天，人族自顾不暇。其中亦有不少我妖族后辈肆虐。慕白此来是请陛下下旨，将外界妖族全部招回北俱芦洲，严加管教，免生不测。”
太昊凝视着慕白元神之躯说道：“慕少监之心尚直否？当年我等避居北俱芦洲，妖族在洪荒中的根基一朝俱丧。当时形势所逼，无可奈何。然而时过境迁，我妖族生生不灭。外界新生小妖不在协议中必须退隐之列，正可在外摇旗呐喊，为我妖族复兴做准备。若是依你所言，将他们全都召回北俱芦洲，我妖族好不容易建立的根基，岂不又要丧失殆尽？慕少监高瞻远睹之人，为何竟看不到此点？莫非忘了当年东皇伯父托孤之情，欲让我妖族无翻身之日么？”
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