机场检查人员并未察觉任何异常，便让他们上了飞机。
这里要提一句，那时候的安全检查程序存在漏洞，刀具长度小于4英寸是被允许携带上飞机的。
与此同时，在同一个机场，联合航空公司175号航班UA175，也正在准备起飞，同样前往洛杉矶。机上载有包括5名劫机者在内的56名乘客和9名机组人员。
在华盛顿杜勒斯国际机场，美国航空公司77号航班AA77正在等待起飞，目的地为洛杉矶。机上载有包括5名劫机者在内的58名乘客和6名机组人员。
在新泽西州纽瓦克国际机场，联合航空公司93号航班UA93，计划飞往旧金山。机上载有包括4名劫机者在内的37名乘客和7名机组人员。原计划是5名劫机者，缺少的人就是被遣返穆萨维。
这四组劫机者，几乎在同一时间，通过了安检，登上了各自的目标航班。
上午7:59，AA11航班从波士顿洛根国际机场32号跑道顺利起飞。
上午8:14，UA175航班从波士顿洛根国际机场9号跑道起飞。
上午8:20，AA77航班从华盛顿杜勒斯国际机场30号跑道起飞。
上午8:42，UA93航班因为机场要控制流量，因此晚点了四十分钟，才从纽瓦克国际机场4号跑道起飞。
也就是因为这次晚点，原本周密的计划出现了疏漏。
天空湛蓝，飞行最初阶段一切正常。
上午8:46左右，AA11航班飞行至纽约州北部空域时，劫机行动开始。
阿塔和奥马里以及其他几名在经济舱同伙突然发难。他们使用声称化学毒气的喷雾剂和藏匿的刀具，迅速控制了头等舱的乘客和试图反抗的空乘人员。
阿塔手持刀具，强行冲入驾驶舱，刺杀了机长和副驾驶，控制了飞机。
“我们掌控了飞机……都给我安静坐着不要动，飞机就不会有事。我们正在返回机场，请保持镇定。”阿塔用磕磕绊绊的英语通过机上广播系统说道，试图稳定乘客情绪。
随即关闭了飞机的应答器，并改变了航向。
飞机突然转向南下，朝着纽约市的方向飞去。
北美防空司令部（NORAD）的雷达操作员注意到了AA11航班应答器信号消失，并出现了异常转向。但此时，他们正在按照演习计划模拟应对来自北方的假想敌袭击，指挥系统出现了肯特所期望的混乱和延误，被判断为演习的内容。
上午8:51，一名受重伤的空乘人员通过机上电话偷偷联系到美航运营中心，急促地报告：“驾驶舱没人接电话，商务舱有人被刺伤了，我觉得机上可能有炸弹。”
这是来自AA11航班的确凿劫机警报，也是唯一的警报。
这条关键信息在官僚系统的层层转接和核实中被延误了，等到它被正式确认并传递到军方时，最佳反应窗口已经错失。
UA175航班上也发生了几乎一模一样的劫持过程。劫机者控制了飞机，关闭应答器，转向朝着纽约飞去。
上午9:03，就在NORAD终于紧急下令战斗机从奥蒂斯空军基地起飞拦截AA11航班时，令人震惊的一幕发生了。
AA11航班，这架庞大的波音767客机，并没有如一些人猜测的那样要求降落或进行恐吓，而是以接近500英里的时速，径直撞向了纽约世界贸易中心北塔1号楼的北立面。
巨大的爆炸声震撼了整个曼哈顿下城，飞机撞击在94层至98层之间，瞬间引发冲天大火和浓烟，钢铁、玻璃、混凝土碎片如同雨点般落下。
街道上的人们被这突如其来的灾难惊呆了，惊恐的尖叫声、哭喊声瞬间响起。
然而，灾难才刚刚开始。
就在全世界通过媒体镜头惊恐地注视着燃烧的北塔时，仅仅17分钟后，上午9:20，UA175航班如同鬼魅般出现在空中，以一个更加倾斜和剧烈的角度，猛地撞入了世界贸易中心南塔2号楼的77层至85层之间。
第二次巨大的爆炸和火球，彻底击碎了所有人关于“意外”的幻想。
“天啊……又一架飞机。”
“是袭击……上帝……我们被袭击了……” 曼哈顿街头陷入一片恐慌。
两座摩天大楼上部浓烟滚滚，火焰肆虐，被困在高楼层的人们绝望地挥舞着衣物，甚至有人不堪烈火灼烧和绝望，选择了跳楼……
NORAD的战斗机此时才刚刚赶到纽约上空，但为时已晚。他们接到了可以击落被劫持客机的授权，但面对已经发生的惨剧和混乱的空域，他们能做的已经不多。
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