洛阳对东晋来说，有着特殊的意义——它是东汉、曹魏、西晋三朝的都城，是“中原正统”的象征。收复洛阳，比收复长安更能提振人心。因此，桓温将第二次北伐的目标锁定为洛阳，既是为了消灭姚襄的势力，也是为了通过“收复故都”，进一步巩固自己的声望。
这一次，桓温吸取了第一次北伐缺粮的教训。他提前在淮河、泗水一带囤积了大量粮食，并亲自率领两万大军，从江陵出发，沿淮河北上，采取“稳扎稳打”的战术，避免深入敌境导致补给断绝。同时，他还派大将檀玄、胡彬率领偏师，袭扰姚襄的侧翼，牵制其兵力。
姚襄知道桓温的厉害，不敢与晋军正面交锋。他率军退守洛阳城南的伊水（今河南洛阳南），并派使者去见桓温，假意表示愿意投降，实则想拖延时间，等待桓温的粮食耗尽。姚襄的使者对桓温说：“姚将军本是晋臣，因被奸臣陷害，才不得已占据洛阳。如今将军亲来，姚将军愿率军归附，只求将军能奏请朝廷，赦免其罪过。”
桓温一眼看穿了姚襄的计谋。他对使者说：“姚襄若真有归降之心，便亲自来我军营中请罪；若想耍花样，我今日便率军踏平他的军营，让他死无葬身之地！”说完，桓温便下令进军，在伊水岸边与姚襄展开决战。
姚襄的军队虽有三万多人，且多为羌族骑兵，勇猛善战，但晋军在桓温的指挥下，阵型严整，士气高昂。桓温亲自擂鼓助威，晋军士兵奋勇冲锋，很快便突破了姚襄的前锋防线。姚襄试图率军反扑，却被晋军大将桓冲击败，羌族骑兵死伤惨重。姚襄见大势已去，只得带着残兵逃往北方，后来被前秦皇帝苻生斩杀。
公元356年八月，桓温率领晋军，顺利进入洛阳城。当他走进洛阳皇宫时，看到的是一片残破的景象：宫殿的柱子倒在地上，台阶上长满了野草，当年西晋皇帝举行朝会的太极殿，只剩下断壁残垣；宫门外的石狮子，也被战火熏得发黑，失去了往日的威严。桓温心中一阵感慨，他让人清理皇宫的废墟，又派人修复西晋皇帝的皇陵——司马懿的高原陵、司马炎的峻阳陵等，都在他的命令下得到了修缮。
修复皇陵后，桓温亲自前往祭拜。在司马炎的峻阳陵前，他对着陵墓行了三拜九叩之礼，感慨道：“先帝（指司马炎）当年统一全国，何等威风；如今故都沦陷，皇陵残破，臣之罪也！”周围的士兵和官员，见桓温如此“忠义”，纷纷感动不已。
祭拜完毕后，桓温向朝廷上书，请求将东晋的都城从建康迁回洛阳。他在奏疏中写道：“洛阳乃中原腹地，汉魏旧都，迁都于此，既能安抚中原百姓，又能震慑北方胡寇；且洛阳地处天下之中，便于日后北伐，收复河北、河东之地。臣恳请陛下（指晋穆帝司马聃）早作决断，迁都洛阳，以慰天下苍生之望。”
可桓温的奏疏，却遭到了朝廷的坚决反对。反对的主力，是江南的门阀大族——王、谢、袁、萧等家族，他们的家眷、财产都在江南，若迁都洛阳，他们的利益将受到严重损害。比如时任宰相的王彪之（琅琊王氏后人），便以“洛阳刚收复，城池残破，且靠近北方胡寇，不安全”为由，反对迁都；谢安（当时尚未成为宰相，但已是谢氏家族的核心人物）也表示“江南百姓安居已久，不愿迁都，强行迁都恐引发民变”。
实际上，朝廷反对迁都的真正原因，是忌惮桓温的权力。他们担心，一旦迁都洛阳，桓温将以“镇守故都”为名，进一步掌控兵权，甚至将朝廷完全置于自己的控制之下。因此，朝廷找了各种借口，拖延迁都之事，最终将桓温的奏疏驳回。
桓温知道，这是朝廷在“制衡”他。但他并未发作——此时的他，已不再是当年那个“灵堂复仇”的少年，而是深谙“隐忍”之道的权臣。他没有强迫朝廷迁都，只是留下两千士兵驻守洛阳，任命戴施为河南太守，负责洛阳的防务，自己则率领大军返回荆州。
虽然没能迁都，但第二次北伐收复洛阳，仍让桓温的声望达到了顶峰。全天下的人都知道，东晋能收复故都，全靠桓温；而桓温也通过此次北伐，进一步巩固了自己的权力——他被朝廷加封为“侍中、大司马、都督中外诸军事”，获得了“入朝不趋、赞拜不名、剑履上殿”的特权，这是古代大臣能获得的最高礼遇，距离“篡权称帝”，只有一步之遥。
第二次北伐后，桓温成了东晋的“无冕之王”——他掌控着东晋的大部分兵权，朝廷中的大事，都需先征得他的同意；皇帝晋穆帝司马聃，对他言听计从；江南的门阀大族，虽对他有所忌惮，却也不敢公开反对。但桓温并不满足——他想通过第三次北伐，彻底消灭北方的胡人政权，建立“不世之功”，为自己“篡权称帝”铺平道路。
公元369年，桓温发起了第三次北伐，此次的目标是占据河北、河南一带的前燕政权。前燕是鲜卑慕容氏建立的政权，当时的皇帝是慕容暐，政权掌握在太宰慕容恪、吴王慕容垂兄弟手中。前燕的实力，比前秦、姚襄更强——它占据了中原最富庶的地区，拥有十万大军，且慕容垂是当时北方最杰出的将领之一，擅长骑兵战术。
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