与此同时，朱元璋还以蓝玉案为借口，大肆株连，清除朝中的功臣将领。凡是与蓝玉有过交往的官员、将领，无论是否参与谋反，都被牵连其中。据史料记载，蓝玉案前后共牵连了一万五千余人，其中包括公爵一人、侯爵十三人、伯爵二人，以及大量的文武官员和士兵。明朝的功臣集团，几乎被一网打尽。
在蓝玉案爆发后，朱元璋还下了一道圣谕，向天下人公布蓝玉的“谋反罪行”，并阐述自己清除功臣的原因。其圣谕曰：“朕起于寒微，拨乱反正，平定天下，建立大明。然功臣之中，多有恃功骄纵、违法乱纪者。蓝玉身为凉国公，受朕厚恩，却不思报效，反而阴结党羽，图谋不轨，欲行谋反之事，危害社稷。朕若不除此贼，恐日后祸乱天下，危及皇太孙之位。今将蓝玉及其党羽依法惩处，以儆效尤。望天下臣民，引以为戒，安分守己，共保大明江山永固。”
蓝玉案，是明初四大案之一，也是朱元璋加强中央集权、巩固皇权的重要手段。通过这起案件，朱元璋彻底清除了朝中的功臣势力，将军政大权牢牢地掌握在自己手中，为皇太孙朱允炆继位铺平了道路。但与此同时，这起案件也造成了大量的冤假错案，许多无辜的人因此惨遭杀害，对明朝的政治、军事和社会造成了深远的影响。
蓝玉案结束后，明朝的政治格局发生了巨大的变化。功臣集团的覆灭，使得朝中再也没有能够与皇权抗衡的势力，朱元璋的皇权达到了顶峰。但与此同时，明朝的军事力量也受到了严重的削弱。大量有经验的将领被杀害，导致明朝军队的战斗力大幅下降，在后来面对北方蒙古部落的侵扰时，往往显得力不从心。
此外，蓝玉案也在朝廷内外造成了一种恐怖的政治氛围。官员们人人自危，不敢轻易发表自己的意见，生怕一不小心就被牵连进某起案件中，惨遭杀害。这种氛围严重压抑了官员们的积极性和创造性，对明朝的政治发展产生了不利的影响。
对于蓝玉的评价，历史上一直存在着不同的观点。有人认为，蓝玉确实存在骄纵跋扈、违法乱纪的行为，他的死是咎由自取；也有人认为，蓝玉虽然性格骄横，但并没有谋反的意图，他是朱元璋为了巩固皇权而制造的冤假错案的牺牲品。
朱元璋之所以要制造蓝玉案，其根本目的是为了巩固皇权，为皇太孙朱允炆扫清障碍。在朱元璋看来，蓝玉等人手握重兵，且与太子朱标关系密切，自己去世后，朱允炆根本无法控制他们，这些功臣很可能会成为朱允炆皇位的最大威胁。因此，他不惜制造冤假错案，大肆株连，将这些功臣彻底清除。
蓝玉的一生，是充满传奇色彩的一生。他从一名普通士卒，凭借自己的军事才能和战功，成长为大明王朝的开国功臣，封爵凉国公，达到了人生的巅峰。但他却因为自己的骄纵跋扈，最终落得个“剥皮实草”、族诛的悲惨结局。
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