“东林六君子”的死，让整个朝堂都噤若寒蝉。以前还敢说几句公道话的官员，现在见了魏忠贤的党羽，都低着头绕着走。有个叫周顺昌的官员，在老家苏州为杨涟哭丧，结果被缇骑抓了起来。苏州的百姓听说后，上万个人堵在大街上，要和缇骑理论，缇骑们嚣张地说：“这是魏公公的命令，你们想造反吗？”百姓们怒了，拿起石头棍子打缇骑，当场打死了两个。可最终，周顺昌还是被抓走，死在了诏狱里，带头闹事的百姓也被砍了头——这就是历史上的“苏州民变”，也是明末百姓对阉党暴政的第一次反抗。
“东林六君子”死后，魏忠贤的权势达到了顶峰。各地官员为了讨好他，开始疯狂地建造生祠（为活人建的祠堂）。第一个建生祠的是浙江巡抚潘汝桢，他在杭州西湖边选了块风水宝地，建了一座规模堪比寺庙的生祠，里面供奉着魏忠贤的雕像，雕像穿着龙袍，手里拿着玉圭——这可是皇帝才能用的东西。潘汝桢还规定，百姓路过生祠时，必须下马跪拜，否则就以“大不敬”论处。
有了潘汝桢带头，其他官员也跟着效仿。苏州建了“普惠祠”，松江建了“德馨祠”，就连偏远的陕西、四川，也都建起了魏忠贤的生祠。有的官员为了建生祠，甚至拆了百姓的房子、占了寺庙的土地。河南巡抚郭宗光，把生祠建在了孔庙旁边，还说“魏公公的功德，比孔子还大”。更荒唐的是，有个叫陆万龄的监生，竟然提议把魏忠贤的生祠建在国子监里，和孔子、孟子的牌位放在一起，理由是“魏公公除东林党，就像孔子杀少正卯一样，都是为了正道”。
此时的魏忠贤，已经不满足于“九千岁”的称呼了。他的党羽们私下里称他为“九千九百岁”，离皇帝的“万岁”只有一步之遥。他还把自己的侄子魏良卿封为宁国公，侄孙魏鹏翼封为安平伯，就连才几岁的小孩，都能当官——只要姓魏，或者能讨好魏忠贤。朝堂上，到处都是阉党的人，他们互相勾结，贪污受贿，把大明的国库掏空了一半。辽东的军队因为拿不到军饷，有的士兵甚至饿死在战场上，而后金的军队，却在一步步逼近山海关。
客氏也在后宫里作威作福，朝臣们把她和魏忠贤并称“客魏”。她见熹宗的皇后张氏怀孕，就暗中派人下药，让张皇后流产；还把自己身边的宫女送给熹宗，想让宫女生下皇子，好让自己继续掌控后宫。民间开始流传说“皇宫里不是皇帝说了算，是‘九千岁’和他的‘奉圣夫人’说了算”。
天启七年（1627年）八月，熹宗朱由校因为长期沉迷木工，加上吃了所谓的“长生药”，突然病逝，年仅二十三岁。由于熹宗没有儿子，皇位传给了他的弟弟朱由检——也就是后来的崇祯皇帝。
崇祯登基时，只有十七岁，但他比熹宗清醒得多。他知道魏忠贤这个权宦是大明的毒瘤。但崇祯也明白，魏忠贤的势力太大，朝堂上、地方上到处都是他的党羽，不能一下子就除掉，必须慢慢来。
刚登基的时候，崇祯对魏忠贤还是和往常一样客气，甚至还赏了他一些金银珠宝。魏忠贤以为崇祯和熹宗一样好控制，还是像以前那样专权，甚至想把自己的侄女送进后宫，继续和皇室攀关系。可他没注意到，崇祯已经在暗中布局了——他先是以“奉圣夫人不宜留宫”为由，把客氏赶出宫去，切断了魏忠贤在后宫的眼线；然后又提拔了一些反对阉党的官员，让他们慢慢掌握权力。
天启七年十一月，首先发难的是云南道御史杨维垣，他上了一封奏折，弹劾魏忠贤的党羽崔呈秀。崇祯借着这个机会，下令免去崔呈秀的官职，把他赶回了老家。崔呈秀是魏忠贤最得力的助手，他的倒台，让阉党开始恐慌。紧接着，更多的官员站了出来，弹劾魏忠贤的罪状，有的甚至把当年杨涟的《劾魏忠贤二十四大罪疏》重新递了上来，连“与客氏私通”的旧账也翻了出来。
魏忠贤这才意识到，崇祯不是熹宗，他这次是真的要对自己下手了。他想故技重施，跑到崇祯面前哭求，可崇祯只是冷冷地看着他，说：“你在宫里待了这么久，也该歇歇了，回老家去吧。”
天启七年十一月初，魏忠贤带着几十个随从，离开了他待了二十多年的紫禁城。他坐在马车上，看着路边的风景，心里五味杂陈——他想起自己当年从肃宁来北京时，只是个一无所有的赌徒；靠着自阉入宫、攀附客氏，他成了权倾朝野的“九千岁”，可如今，那些生祠、那些党羽、那些“九千九百岁”的称呼，都成了过眼云烟。走到河北阜城时，他收到了崇祯的圣旨——圣旨里列举了他的种种罪状，从“擅权乱政”到“秽乱宫闱”，最后下令把他抓回北京，严加审讯。
魏忠贤拿着圣旨，手不停地发抖。他知道，自己一旦被抓回北京，等待他的肯定是凌迟处死。当天晚上，他住在阜城的一家客栈里，想起了客氏——听说客氏被赶出宫后，已经被崇祯下令打死了；想起了那些被他害死的东林党人，杨涟、左光斗他们的冤魂，仿佛就在眼前。他从包袱里拿出一根绳子，挂在房梁上，随着一声闷响，魏忠贤的身体悬在了半空中。这个曾经让整个大明王朝为之颤抖的权宦，最终以自缢的方式结束了自己的一生。他死后，崇祯下令磔其尸，查抄他的家产，结果抄出了白银两千多万两、黄金百万两，还有无数的珍宝——这些财富，都是他从百姓身上刮来的，从大明的国库里偷来的。
崇祯还下令拆毁全国各地的魏忠贤生祠，把魏忠贤的党羽一个个抓起来处死或流放，史称“钦定逆案”。
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