朱棣看着跪在脚下、身体肥胖却神情哀戚的太子，再想起汉王的骄横、赵王的阴鸷，心中百感交集。太子这份仁厚，虽有时嫌其软弱，此刻却显得如此珍贵。他沉默许久，胸中翻腾的杀意，终是在太子的泪水中，渐渐平息下去。
最终，朱棣做出了裁决：汉王朱高煦、赵王朱高燧，削去护卫，严加圈禁，非诏不得出府门半步。其党羽，则绝不姑息——汉王府长史周昂、赵王府旧管事刁贵、以及直接参与其事的李彪等人，皆以“勾结妖人、祸乱地方、图谋不轨”之罪，处以极刑，李彪更遭灭族。此举，也算间接为唐赛儿报了部分家仇。
至于前线将官：安远侯柳升，被行在刑部尚书吴中弹劾“奉命征剿，不即就道”、“贼临境，不设备”、“忌其成功，更不救援，致忠力尽而毙，贼遂得乘间遁去”。朱棣怒其无能误国，下旨“方命失机，媢功忌能，罪不可宥”，将其投入诏狱。虽然后来念及其旧功，或有开释，但此刻的惩处，足以震慑全军。
山东地方官员亦遭清洗：布政使、按察使等封疆大吏，因“治下失序”、“未能预警”，革职流放者众；府县主官，问责尤严；都司卫所军官，凡与战败有涉，或贬或杀，无一幸免。
乱局初定，百废待兴。朱棣深知，此刻需要一个能稳定局面、又能领会圣意的人来处理山东善后。他目光落在了周廷玉身上。此子在此次变乱中，协理军务虽无显赫之功，却也未有大过，情报提供及时，更难得的是，那份远超年龄的沉静与在太子求情事件中隐约可见的深远布局。
一道圣旨颁下：命山东布政使司右参议周廷玉，暂领山东事务，全权负责战乱之后的安抚地方、恢复生产、整顿吏治等一应事宜。
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