当时的孤岛并不太平，来自古罗马的涅尔瓦做着他的皇帝(服霸)梦，并且和李美盈产生了冲突。趁着海伦娜和李美盈打完大猩猩BOSS传送回来，涅尔瓦突然袭击，击杀了李美盈全部兽群(包括她最爱的坐骑，迅猛龙乌骓)，并俘虏了海伦娜。海伦娜无奈，交代了方尖碑和钥匙的秘密，这让隐藏在涅尔瓦军中的罗克韦尔不满(他认为海伦娜背叛了自己)。涅尔瓦带着部队打完喷火龙BOSS，集齐三把钥匙前往孤岛泰克洞，并且在和方舟“监察者”的战斗中惨胜。没想到李美盈突然袭击(以彼之道还施彼身)，击杀了涅尔瓦。
虽然他们一行人通关了孤岛方舟，但重回地球的程序并没有启动(因为地球上的腐化意识集合体已经生成了灭绝最终BOSS帝王泰坦，回归地球计划被无限期推迟了)。没有通关的喜悦，在一片混乱中，李美盈和涅尔瓦的尸体一起被传送往畸变方舟，海伦娜和罗克韦尔被传送往焦土方舟。
孤岛故事，完。
焦土的故事：
焦土的方舟计划运行的很不顺利，这里的住民缺少探险和反抗精神，反而演化出了方尖碑崇拜一样的宗教。他们在女祭司莱娅的领导下，安于现状的生活，对方尖碑和神器顶礼膜拜。这让方舟的“监查者”恼火，并决心再次清洗掉这批克隆人，重启方舟(之前已经重启很多次了，导致焦土方舟一片荒芜，沙漠中到处掩埋着城市的废墟)【题外话：他就不如地球的监查者聪明，发大洪水不影响生态，笑~】。所幸，危机彻底爆发之前，一个不明种族的战士来到了莱娅的部落，他名叫达克亚。
达克亚教会了莱娅的部落使用火器，击败了来犯的螳螂怪和双足飞龙，达克亚甚至为了救莱娅身负重伤，乘机抱得美人归【呸，狗血剧情】。但是在方舟崇拜问题上，他们无法达成一致，莱娅不放弃信仰神，不搬离方尖碑。直到最后时刻，方尖碑放出的光摧毁整个部落，达克亚牺牲，莱娅信仰崩塌。她单人孵龙蛋【龙妈附体!】，化身龙战士，名字也改成了瓦力·阿尔·奥斯瓦德。
罗克韦尔靠高明的医术在焦土混的风生水起，但他非常鄙视这里的宗教和部落民。他先是偷走了一个部落的神器，然后蛊惑另一个部落去打狮蝎BOSS，拿到能量元素板后，又谋杀了全部落的人。【罗克韦尔的黑化，和他的性格有很大关系，这里有兴趣的同学要去看笔记原文】。然后他的好运就到头了，因为他带着宝贝跑路的途中，遇到了“叛徒”海伦娜，以及海伦娜刚结识的朋友，龙骑士瓦力·阿尔·奥斯瓦德，也就是当年的莱娅，现在的她已经是一个老太婆了。莱娅告诉罗克韦尔和海伦娜，焦土方舟她早已通关了，随时都可以离开，但她不愿意。海伦娜虽然有些舍不得莱娅，但她已经受够了沙子了!
于是，海伦娜和罗克韦尔传送前往畸变。 焦土故事，完。
畸变的故事：
戴安娜和她的朋友们来自泰克科技已经普及，但腐化还未开始的“未来”，当然他们不知道自己也是方舟制造的克隆人。戴安娜是一名URE(UnitedRepublics of Earth，地球联合国)飞行战斗员，圣地亚哥是另一个组织“地球联邦”的黑客。虽然地球联合国和地球联邦互相敌视，但是现在他们被抛弃在同一个恶劣环境下，为了生存必须同舟共济。他们费劲心力，建造了一套泰克装甲，由戴安娜穿着四处探路【未来人似乎都没有点驯服野兽的技能点】。
戴安娜不负众望，收集神器并且发现了方尖碑。然后，一群未来人带着炸弹，没错，炸弹。。。去激活了方尖碑。他们遭遇了强大的BOSS【当然当时并不是罗克韦尔】，引爆了炸弹，然后轰……成功作了大死。天空(空间站屏障)被炸坏了，宇宙辐射点燃了整个陆地。他们从附近的洞穴逃入地底才得以活命，从此地表只有夜晚才能前往。圣地亚哥发现三个方尖碑连通着一个极为遥远的信号【其实是来自地球】，他们模仿方尖碑的传送结构造了一个传送器，因为距离太远了，传送器极为巨大，它甚至横贯了整个畸变方舟。【从畸变绿区一直到红区的框框结构就是了】。
这天，戴安娜带几个队友一起出去巡逻【服霸查房了】，遭遇了一个敌人。敌人是一个身手矫健的女性，骑着一头恐怖的羽毛龙。【没错，她就是从孤岛传过来的挂B，李美盈。继孤岛单人驯南巨后，她无聊又试了一下单人驯岩龙……】。所谓不打不相识，英雄惜英雄，总之李美盈随戴安娜一起回了泰克基地。在接受一番科学知识洗脑后，李美盈穿上了一套泰克装甲，给戴安娜起了个骚气的绰号，又上演了一出英雄救美的好戏。更多百合剧情，欢迎翻阅原始笔记。
海伦娜和罗克韦尔从焦土传送畸变，刚下来就被怪怼到弹尽粮绝，眼看要完，李美盈穿着泰克装甲出现，又见挂B天秀杀光怪物，把海伦娜和罗克韦尔救回基地【主角大集合】。罗克韦尔很快就被泰克基地的科学技术吸引了，而海伦娜却十分担忧，她认为巨型传送器的建造是违背“监查者”意愿的，类似于焦土方舟那样的大清洗很可能会降临。海伦娜说服了基地领袖，带着一支队伍(包括李美盈和圣地亚哥)去探察地表方尖碑。
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