在地表，圣地亚哥黑进了方尖碑【技术大牛啊】，证实了海伦娜的预言，方舟正在酝酿一次大清洗，现在唯一的生机只有彻底关闭方尖碑。于是圣地亚哥操纵地表方尖碑，将一行人传送进了方舟总控室【就是畸变红区底层的蓝色泰克洞】，在那里，众人看到了所有方舟生物的活体培养室，包括人类。他们遭遇了严重的精神打击：原来自己是在控制中心被设计出来，然后在这个工厂中被制造出来的克隆人。自己的记忆全是移植的，或者虚假的? 这里贴一段 @小白狼125 的笔记翻译，大家感受一下。
海伦娜的笔记19
人类的样本室给了我们所有人一个打击，但是我想美盈受到的打击最大。她从那之后整个人都安静了，像一个穿着铠甲的僵*尸一样拖着脚跟在圣地亚哥身后。我尽我所能地解释了一切，并且为她鼓劲，但是我不确定我有帮到她。
现在想来，她能够生存这么久而且没有发*疯，这已经相当惊人了。在她所处的时代，他们距离发明该*死的火药还差了几乎七个世纪。机器能够创造人，并且就是这个机器创造了你，这个概念对他们而言肯定是难以理解的。
考虑到我们的现状，我希望她没事。看到她现状这样慌乱让我感到更加不安。
虽然遭遇意外，但任务还是完成了。圣地亚哥找到了控制台。就在所有方尖碑被关闭的同时，方舟紧急防御系统也被触发了。无数的怪物冲向总控室，众人炸毁总控室，逃进事先布置好的传送器离开，真乃千钧一发!大清洗程序被终止了，小队众人都长出一口气，以为危机彻底解除，但谁也想不到，真正的危机，正向远处的泰克基地袭来。
罗克韦尔在泰克基地的科学研究并不顺利，至少在他看来，这些来自未来的科学家个个都看不起他。同时，他也对这些科学家从矿石中提取能量元素的保守做法表示质疑【畸变中许多放矿石+电池换能量元素的机器】。没错，明明就有更原始更纯粹的能量元素，在充满辐射的底层深处流淌，那可是一整条紫红色的河流。趁着海伦娜带队去关闭方尖碑的机会，罗克韦尔前往辐射区获取了更纯粹的能量元素，他以自己的名字(艾德蒙`罗克韦尔)命名为“艾德蒙金属”。接下来的实验越来越疯狂，直到最后，他将这导致地球腐化的根源，注射进自己的血管。“我升华了!!”在狂吼声中，罗克韦尔的面容逐渐扭曲，化身为巨大的畸变怪物。
当海伦娜等人赶回来的时候，基地已是死伤惨重，一切都已无可挽回。留守的戴安娜奄奄一息，临死前她终于说出凶手的名字“罗克韦尔”。海伦娜陷入自责，李美盈则发狂了一样追出去，她的“橘子”死了，她要报仇!海伦娜和李美盈最终追上了罗克韦尔，合力将他击落深渊。但一切没有结束，罗克韦尔的吼叫声仍时常回荡，如同从地狱发出的蚀骨嘶鸣。
圣地亚哥的超级传送器终于完工了，海伦娜一行即将传送前往一个前所未有的遥远的地方，也许那里曾是人类的故乡?
畸变故事，完。
灭绝的故事
“是的，这里就是地球，我确定，但它为什么变成这个鬼样子了?!”圣地亚哥懊恼地坐在一堆仪器面前。他刚刚费尽力气逃离那个怪物横行的地狱，可笑的是，他们来到了地狱的下一层。
地球已死，像隔壁的火星兄弟那样。地表是一张褶皱的橘子皮，干旱、黄沙、废土，永恒的白昼，无边的死寂。腐化的怪物如同橘子皮上的霉斑一样，它们到处散播着毒素，同时给圣地亚哥的队伍带来麻烦。
但更致命的是低落的士气，绝望和迷茫在队伍中弥漫，连海伦娜都失去了探索的兴趣，失去挚爱后的李美盈更是如行尸走肉一般。
但命运之神似乎没有放弃这群“偷渡者”，因为他们在荒漠中找到了一座废弃的城市，还有熟悉的方尖碑。一切似乎又回到了原点，除了挥之不去的迷茫，还有正在逼近的恐惧。
圣地亚哥不知道自己是怎么从那个洞穴里逃回来的，他的记忆里全是那压倒性庞大的阴影和队友们扭曲的脸【泰坦!】。这种恐惧无疑将成为压倒骆驼的最后一根稻草，他们的队伍危在旦夕!但是我们的技术大佬怎会认输?这一刻，托导灵魂附体，圣地亚哥有了一个大胆的想法。
Mek机器人的制造很顺利，更关键的是团队的士气有所恢复。圣地亚哥还搜索到远方一种神秘的信号，而海伦娜坚信这是解开谜团的钥匙。李美盈虽然对解谜不感兴趣，但她现在最大的愿望，就是保护身边的每一个人。
美好的时光总是短暂的，敌人找到他们了。腐化的兽群在泰坦的带领下杀向基地，可Mek机器人还没有准备好，除了圣地亚哥的原型机，其他的机甲才刚刚开始充能。于是，一段肉麻的内心独白后【Those are my idiots】，圣地亚哥牺牲自己，开着机甲冲出去引走了敌人。
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