开成五年（840年），文宗病重，临终前想立太子李成美为帝。仇士良却假传圣旨，废黜李成美，拥立穆宗第五子李炎（武宗）即位。武宗即位和，封仇士良为楚国公，允许他入朝不拜。
但武宗与文宗不同，他性情刚毅，且重用宰相李德裕——李德裕是坚定的“反宦”派，多次向武宗建议削弱宦官权力。武宗渐渐采纳李德裕的意见，开始一步步收回仇士良的权力：先将神策军中仇士良的亲信调往外地，再任命自己的亲信为神策军副将，逐步掌控军权；朝堂上，武宗则支持李德裕整顿吏治，减少宦官对朝政的干预。
仇士良察觉到武宗的意图，曾试图反击——他暗中散布谣言，说李德裕“勾结藩镇，意图谋反”，却被武宗当众驳斥；他又想借祭祀之机，调动神策军施压，也被武宗以“无需劳烦神策军”为由拒绝。几次尝试均告失败后，仇士良明白，自己的权力已摇摇欲坠。
会昌三年（843年），仇士良主动向武宗请求退休。武宗顺水推舟，准其退休，并赐给他大量金银珠宝。退休前，仇士良召集宦官们前来告别，传授自己的“为官之道”：“天子不可令其闲暇，闲暇则必读书，读书则必近儒生，近儒生则必纳谏，纳谏则必疏斥宦官——此乃我辈大忌。汝等需常以奢靡之物惑天子，令其沉迷玩乐，无暇他顾，如此我辈才能长久富贵。”这番话，道尽了晚唐宦官专权的核心逻辑。
退休后的仇士良，回到长安的私宅中养老。他的私宅规模宏大，仅仆人就有数百人，家中收藏的金银珠宝、古玩字画不计其数。但好景不长，会昌四年（844年），仇士良病逝，享年六十四岁，武宗追赠他为扬州大都督。
然而，就在他死后不久，武宗接到举报，说仇士良家中私藏了大量兵器。武宗命人前去查抄，果然在其宅中搜出“兵仗数千件”——按照唐朝律法，宦官私藏兵器属谋逆大罪。武宗大怒，下令剥夺仇士良的所有官爵，抄没其家产，甚至差点下令掘其坟墓。
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